Comment fonctionne le salaire pendant un arrêt maladie ?

Lorsque le salarié est en arrêt maladie, son contrat de travail est suspendu. Il ne perçoit donc pas de salaire. Toutefois, à certaines conditions, le salarié peut bénéficier d’indemnités journalières de Sécurité sociale, mais également d’un maintien du salaire pendant l’arrêt maladie de la part de son employeur. 

Les règles relatives au salaire pendant l’arrêt maladie sont spécifiques et doivent être respectées par l’employeur. 

Quelles sont les conséquences de l'arrêt de travail sur le salaire ? Existe-t-il une perte de salaire en arrêt maladie ? Quelle indemnisation durant l’arrêt maladie ? Comment est-on payé en arrêt maladie ? PayFit vous répond.

Quels sont mes droits en cas d'arrêt maladie ?

Le salarié en arrêt maladie peut percevoir un revenu de remplacement pour compenser la perte de salaire pendant l’arrêt maladie due à la suspension de son contrat de travail. Ce revenu de remplacement, appelé les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) est versé par l’Assurance maladie. Le calcul du salaire perçu avant l’arrêt est donc nécessaire. 

Pour que le salarié puisse bénéficier des IJSS pendant l’arrêt maladie, il faut que l’employeur signale l’arrêt de travail via la DSN et qu’il fournisse au salarié une attestation de salaire à transmettre à sa caisse primaire d'assurance maladie.

Quelles sont les conditions pour bénéficier des indemnités journalières ?

Le paiement de l’arrêt maladie par la Sécurité sociale est soumis à certaines conditions, qui dépendent de la durée de l’arrêt.

Arrêt de travail de moins de 6 mois 

Si la durée maximale de l’arrêt maladie ne dépasse pas 6 mois, le salarié doit avoir soit : 

• travaillé au moins 150 heures ou 90 jours sur les 3 mois civils précédant l’arrêt ;

• cotisé sur la base d’une rémunération au moins égale à 1 015 fois le SMIC horaire au cours des 6 mois précédant l’arrêt de travail.

 Arrêt de travail de plus de 6 mois

Au-delà de 6 mois d’arrêt maladie, le salarié doit justifier soit :

• d’une affiliation à la Sécurité sociale d’au moins 12 mois à compter de l’interruption de l’emploi et d’au moins 600 heures de travail durant les 12 mois civils ou 365 jours avant l’arrêt ;

• d’une cotisation sur la base d’une rémunération au moins égale à 2 030 fois le SMIC horaire pendant les 12 mois civils ou les 365 jours précédant l’arrêt.

Comment fonctionne le délai de carence en arrêt maladie ?

Quel est le délai pour recevoir les indemnités journalières ?

Le droit au versement des IJSS n’est pas immédiat : il existe un délai de carence en arrêt maladie de 3 jours à compter de l’arrêt maladie. Les indemnités journalières ne sont ainsi pas versées tout de suite, l'indemnisation liée à un arrêt maladie ne débutant qu'à compter du 4ème jour de l'arrêt maladie.

Quand le délai de carence ne s’applique-t-il pas ?  

Ce délai ne s’applique pas :

Entre deux arrêts de travail :

• si la reprise d'activité entre deux prescriptions n'a pas dépassé 48 heures ;

• en cas de prolongation de l'arrêt initial avec un nouveau certificat médical.

Pour certaines situations médicales :

• en cas d'affection de longue durée (ALD) provoquant des arrêts de travail successifs (le délai de carence n'est retenu que pour le premier arrêt) ;

• pour les accidents du travail et maladies professionnelles ;

• pour les congés maternité et arrêts liés à la grossesse. 

Comment calculer les indemnités journalières d'arrêt maladie ?

Les indemnités d’arrêt maladie sont égales à 50 % du salaire journalier de base. Le montant de l’indemnité est toutefois plafonné à 53,31 € brut par jour en 2025.

👉 À noter : pour calculer vos IJSS, votre salaire mensuel brut est plafonné à 1,8 fois le SMIC, soit 3 243,24 € brut en 2025. Tout salaire au-delà de ce plafond n'est pas pris en compte dans le calcul.  

⚠️ Attention : en cas de maladie d'origine professionnelle ou suite à un accident de travail, les IJSS sont égales à un pourcentage du salaire journalier de référence qui varie en fonction de la durée de l'arrêt maladie. Leur montant est également plafonné.

Comment sont payées les indemnités journalières en arrêt maladie ?

Quand la CPAM verse-t-elle les indemnités journalières ?

Les arrêts maladie et salaires sont, en principe, gérés par la CPAM qui verse directement aux salariés les IJSS tous les 14 jours, accompagnés d’une attestation de paiement. Les IJSS sont dues, à compter du délai de carence, pour chaque jour calendaire d’interruption (donc même les week-ends). Les IJSS ne sont pas assujetties aux cotisations sociales, car elles constituent un revenu de remplacement. Toutefois, elles supportent, à ce titre, la CSG et la CRDS.

Comment fonctionne le maintien de salaire avec subrogation ?

Par dérogation, l’employeur peut procéder à une subrogation des IJSS. La subrogation par l’employeur signifie que ce dernier perçoit les IJSS à la place du salarié et lui reverse ensuite. Pour mettre en place ce mécanisme, l’employeur doit le sélectionner via la DSN lors de la déclaration de l’arrêt maladie du salarié. 

Ce service permet au salarié de ne pas avoir à attendre le versement des IJSS en décalage avec le reste du salaire du mois concerné, ou avec un maintien de salaire que pratiquerait l’employeur. Il perçoit ainsi tout d’un coup. 

Le recours à la subrogation n’est possible qu’en cas de maintien de salaire par l’employeur, et si le salaire maintenu au cours de l’arrêt maladie doit être au moins égal au montant des IJSS.

Est-ce que la subrogation est obligatoire ? 

S’il est obligatoire d’avoir recours au maintien de salaire pour pratiquer la subrogation, l’inverse n’est pas vrai : en ce qui concerne les IJSS, l’employeur n’est pas obligé de choisir la subrogation en cas de maintien de salaire.

Ainsi, le maintien de salaire en arrêt maladie est versé comme le salaire habituel, et les IJSS sont versées soit par l’Assurance maladie, soit par l’employeur en cas de subrogation.

L'employeur doit-il maintenir mon salaire pendant l'arrêt maladie ?

Dans certains cas, l’employeur a l’obligation de verser un maintien de salaire au salarié durant l’arrêt maladie. Il s’agit d’un complément de rémunération durant l’arrêt de travail permettant de compléter le montant des IJSS versées au salarié. 

Quelles sont les conditions légales du maintien employeur ?

Le Code du travail prévoit que l'employeur doit verser une indemnité complémentaire au salarié en arrêt maladie lorsqu’il remplit les conditions suivantes : 

• avoir au moins 1 an d’ancienneté à compter de son 1er jour d’absence ;

• avoir transmis son certificat médical dans les 48h pour justifier son absence ;

• avoir bénéficié des IJSS ;

• être soigné en France ou un autre État de l’espace économique européen.

Pendant l'arrêt maladie, la rémunération dépend donc de plusieurs facteurs.

⚠️ Attention : les travailleurs à domicile, salariés saisonniers et intermittents sont exclus de ce dispositif.

Le versement de ce complément de salaire en arrêt maladie assure que le salarié puisse percevoir un pourcentage plus élevé de sa rémunération habituelle. Le montant du maintien de salaire varie en fonction de l'origine de l'arrêt maladie : professionnel, non-professionnel ou suite à un accident du travail.

Ce complément de salaire en arrêt maladie est donc soumis à un régime distinct des IJSS.

⚠️ Attention : le paiement d'indemnités complémentaires par l'employeur lui donne l'autorisation de contrôler le salarié en arrêt maladie, notamment par le biais d'une contre-visite médicale s'il le souhaite.

Par ailleurs, les entreprises ont l'obligation de mettre en place une prévoyance d’entreprise qui peut prévoir, selon le contrat, des indemnités complémentaires en cas d'arrêt maladie. Ces garanties s'ajoutent aux IJSS et au maintien de salaire légal pour assurer une meilleure protection du salarié.

Quand l'employeur doit-il verser le maintien de salaire ?

Il est prévu un délai de carence de 7 jours à compter de la date de l’arrêt pour ouvrir droit au complément d’indemnisation en cas de maladie non-professionnelle. L’indemnisation commence ainsi à compter du 8ème jour sous réserve de dispositions conventionnelles plus favorables.

En cas d'arrêt maladie d'origine professionnelle ou suite à un accident de travail, aucun délai de carence ne s'applique. L’indemnisation intervient ainsi dès le premier jour d’absence.

Comment calculer le maintien employeur ?

Le calcul du complément de salaire en arrêt maladie dépend de la durée de l’arrêt, mais également de l’ancienneté du salarié dans l’entreprise. Il y a tout d’abord deux périodes de perception du maintien de salaire pendant l’arrêt maladie, pour lesquelles le montant n’est pas le même : 

• 1ère période : 90 % de la rémunération brute que le salarié aurait perçue ;

• 2ème période : ⅔ de la rémunération qu’il aurait perçue.

La durée du maintien de salaire dépend ensuite de l'ancienneté du salarié concerné : les périodes sont augmentées de 10 jours pour chaque palier de 5 ans d'ancienneté, sans pouvoir dépasser 90 jours.

Exemple : un salarié ayant 12 ans d’ancienneté est en arrêt pendant 80 jours : 

• les 50 premiers jours, le maintien de salaire est de 90 % de son salaire brut ; 

• les 30 jours suivants, le maintien de salaire est d’⅓ de son salaire brut. 

💡 Bon à savoir : la convention ou l’accord collectif peut prévoir des dispositions plus favorables pour le salarié. 

Le bulletin de paie en l'arrêt maladie doit indiquer le montant de l'indemnité du maintien de salaire. 

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