Comment fonctionne le salaire pendant un arrêt maladie ?

Lorsque le salarié est en arrêt maladie, son contrat de travail est suspendu tout au long de la période d'absence : il ne perçoit donc pas de salaire. Toutefois, sous certaines conditions, il peut bénéficier d’Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS), ainsi que d’un maintien du salaire de la part de son employeur. 

Les règles relatives au salaire en cas d’arrêt maladie sont spécifiques et doivent être respectées par la direction de l'entreprise. 

Quels sont les droits des salariés en cas d'arrêt maladie ?

Lorsqu’un salarié est en arrêt maladie, il peut bénéficier d’un revenu de remplacement pour compenser la perte de salaire liée à la suspension de son contrat de travail. Ce revenu, appelé indemnités journalières de Sécurité sociale, est versé par l’Assurance maladie. Le montant de ces indemnités dépend du salaire perçu avant l’arrêt, ce qui rend le calcul du salaire indispensable.

⚠️ Attention : pour que le salarié puisse percevoir ses indemnités journalières, l’employeur doit :

• déclarer l’arrêt de travail via la DSN (Déclaration Sociale Nominative),

• fournir au salarié une attestation de salaire à transmettre à la Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM).

Quelles sont les conditions pour bénéficier des indemnités journalières ?

Le versement des indemnités journalières par la Sécurité sociale dépend de la durée de l’arrêt de travail et de certaines conditions liées à l’activité et aux cotisations du salarié.

Arrêt de travail de moins de 6 mois 

Si la durée maximale de l’arrêt ne dépasse pas 6 mois, le salarié doit remplir l’une des conditions suivantes :

• avoir travaillé au moins 150 heures ou 90 jours au cours des 3 mois civils précédant l’arrêt de travail ;

• ou avoir cotisé sur la base d’une rémunération au moins égale à 1 015 fois le SMIC horaire au cours des 6 mois précédant l’arrêt.

Arrêt de travail de plus de 6 mois

Au-delà de 6 mois d’arrêt, le salarié doit justifier soit :

• d’une affiliation à la Sécurité sociale d’au moins 12 mois à compter de l’interruption de l’emploi et d’au moins 600 heures de travail durant les 12 mois civils ou 365 jours avant l’arrêt ;

• d’une cotisation sur la base d’une rémunération au moins égale à 2 030 fois le SMIC horaire pendant les 12 mois civils ou les 365 jours précédant l’arrêt.

Comment fonctionne le délai de carence en arrêt maladie ?

Délai pour recevoir les indemnités journalières 

Le versement des indemnités journalières de la Sécurité sociale n’est pas immédiat. Un délai de carence de 3 jours s’applique à compter du début de l’arrêt de travail. Ainsi, l’indemnisation ne débute qu’à partir du 4ᵉ jour d’arrêt.

Cas dans lesquels le délai de carence ne s’applique pas

Ce délai de carence en arrêt maladie ne s’applique pas dans les cas suivants.

Entre deux arrêts de travail :

• si la reprise d'activité entre deux prescriptions n'a pas dépassé 48 heures ;

• en cas de prolongation de l'arrêt maladie avec un nouveau certificat médical.

Pour certaines situations médicales :

• en cas d'Affection de Longue Durée (ALD) provoquant des arrêts de travail successifs (le délai de carence n'est retenu que pour le premier arrêt) ;

• pour un arrêt maladie en cas d’accident du travail et les maladies professionnelles ;

• pour les congés maternité et les arrêts liés à la grossesse.

Comment calculer les indemnités journalières d'arrêt maladie ?

Les indemnités d’arrêt maladie versées sont égales à 50 % du salaire journalier de base. Le montant de l'indemnité est toutefois plafonné à 41,95 € brut par jour en 2026, et tout salaire au-delà de ce plafond n'est pas pris en compte dans le calcul.

📌 Exemple : un salarié perçoit 3 000 € brut par mois, et son salaire journalier de base dépasse le plafond de 41,95 €. L'indemnité retenue est donc celle plafonnée. Le salarié est arrêté 7 jours, et la carence s’applique de 3 jours. Il percevra donc : 41,95 € × (7 - 3) = 167,8 € d’indemnités.

⚠️ Attention : dans ces situations, le calcul des IJSS est fait sur la base d’un pourcentage du salaire journalier de référence, variable selon la durée de l’arrêt. Le plafond est de : 

• 240,49 € par jour les 28 premiers jours;

• 320,66 € par jour à partir du 29e jour.

Comment sont payées les indemnités journalières en arrêt maladie ?

Versement des indemnités journalières 

En principe, la CPAM verse directement aux salariés les IJSS tous les 14 jours, accompagnées d’une attestation de paiement. Les indemnités sont dues à compter du délai de carence, pour chaque jour calendaire sans interruption (incluant ainsi les week-ends). 

Les IJSS versées ne sont pas assujetties aux cotisations sociales, car elles constituent un revenu de remplacement. Toutefois, elles supportent, à ce titre, la CSG et la CRDS.

Maintien de salaire avec subrogation 

Par dérogation, l’employeur peut procéder à une subrogation des IJSS en sélectionnant ce système via la DSN. Cela signifie que l’entreprise perçoit les indemnités à la place du salarié et lui reverse ensuite. 

La subrogation par l’employeur évite au salarié d’attendre que les indemnités journalières ne soient versées et de subir un décalage avec le reste du salaire du mois concerné, ou avec un éventuel maintien de salaire que pratiquerait l’employeur. La subrogation constitue ainsi un versement unique et total de la paie au salarié.

Son recours n’est possible qu’en cas de salaire maintenu par l’employeur, et dans le cas où le ce dernier est égal au montant des IJSS. S’il est obligatoire d’avoir recours au maintien de salaire pour pratiquer la subrogation, l’inverse n’est pas vrai : en ce qui concerne les IJSS, l’employeur n’est en aucun cas tenu de choisir la subrogation en cas de maintien de salaire.

L'employeur doit-il maintenir mon salaire pendant l'arrêt maladie ?

Dans certains cas, l’employeur a l’obligation de verser un maintien de salaire. 

Conditions légales du maintien employeur 

Le Code du travail prévoit que l'employeur doit verser une indemnité complémentaire au salarié en arrêt maladie lorsqu’il remplit les conditions suivantes : 

• avoir au moins 1 an d’ancienneté à compter de son 1er jour d’absence ;

• avoir transmis son certificat médical dans les 48h pour justifier son absence ;

• avoir bénéficié des IJSS ;

• pratiquer ses soins de santé en France ou dans un autre État de l’espace économique européen.

Ce complément de salaire en arrêt maladie permet au salarié de percevoir une rémunération supérieure à ses indemnités habituelles, dont le montant varie selon l’origine de l’arrêt.

Il est important de noter que ce complément est distinct des IJSS et relève d’un régime spécifique.

Enfin, les entreprises doivent mettre en place une prévoyance d’entreprise, pouvant inclure, selon le contrat, des indemnités complémentaires en cas d’arrêt maladie. Ces garanties s’ajoutent aux IJSS et au maintien de salaire légal, offrant ainsi une protection renforcée au salarié.

⚠️ Attention : le paiement d'indemnités complémentaires par l'employeur lui donne l'autorisation de contrôler le salarié en arrêt maladie, notamment par le biais d'une contre-visite médicale effectuée par un médecin s'il le souhaite.

Versement du maintien de salaire 

Il est prévu un délai de carence de 7 jours à compter de la date de l’arrêt pour ouvrir droit au complément d’indemnisation en cas de maladie non-professionnelle, sauf dispositions conventionnelles plus favorables. 

En cas d'arrêt maladie d'origine professionnelle ou suite à un accident de travail, aucun délai de carence ne s'applique.

Tableau du maintien de salaire selon l’ancienneté du salarié

📌 Exemple : un collaborateur ayant 12 ans d’ancienneté est arrêté durant 80 jours :

• 90 % de sa paie brute les 50 premiers jours, ; 

•  ⅓ de sa paie brute les 30 jours suivants. 

💡 Bon à savoir : la convention ou l’accord collectif peuvent prévoir des dispositions plus favorables pour le salarié. 

Le bulletin de paie en arrêt maladie doit faire figurer le montant de l'indemnité du maintien de salaire. 

👉 À noter : par ailleurs, la mise en place d’une prévoyance d’entreprise est obligatoire pour les cadres et assimilés, et peut également concerner l’ensemble des salariés lorsqu’un accord le prévoit. Selon les garanties du contrat, elle permet notamment de verser des indemnités complémentaires en cas d’arrêt de travail prolongé. Ces prestations viennent s’ajouter aux autres dispositifs existants afin de renforcer la protection du collaborateur.

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