Comment fonctionne la subrogation par l’employeur ?

Maureen Boixière
Mise à jour le 12 juillet 2023

Lorsqu’un salarié est en arrêt maladie, son contrat de travail est suspendu et il ne perçoit pas de salaire. Il peut, à certaines conditions, bénéficier du versement d’indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS) par la caisse prime d’assurance maladie. 

Toutefois, il est possible pour une entreprise d’opter pour le mécanisme de la subrogation par l’employeur. La subrogation de salaire répond à des règles particulières qui doivent être respectées par l’employeur afin de mettre en place ce processus. 

Que veut dire subrogation de salaire ? Qu’est-ce que la subrogation par l’employeur ? Comment arrêter la subrogation de l’employeur ? PayFit fait le point. 

En quoi consiste la subrogation par l’employeur ? 

La subrogation de salaire est un mécanisme par lequel l’employeur procède au versement des IJSS au salarié, puis se fait rembourser ce montant par la sécurité sociale

Il s’agit donc d’un procédé dérogatoire, puisqu’en principe, les IJSS en cas d’arrêt maladie sont versées directement par la sécurité sociale au salarié et l’employeur n’intervient pas. 

La subrogation par l’employeur permet au salarié de bénéficier d’un maintien de salaire puisqu’il s’accompagne d’un complément de salaire pendant l’arrêt maladie versé par l’employeur. Cela permet au salarié de compléter le montant des IJSS pour parvenir à un salaire pouvant aller jusqu’à 100 %

⚠️ Attention : même en cas de subrogation par l’employeur, le délai de carence de 3 jours peut s’appliquer. Il faut se référer à la convention collective applicable à l’entreprise. 

Il s’agit donc d’un mécanisme avantageux pour le salarié car il n’a pas besoin d’attendre le versement des indemnités par la sécurité sociale et pour l’employeur puisque la subrogation est plus facile à gérer en paie. 

Comment mettre en place la subrogation par l’employeur ? 

Pour que l’employeur puisse demander à réaliser une subrogation de salaire, il faut que deux conditions cumulatives soient remplies

  • le versement total ou partiel du salaire en cas d’arrêt maladie est prévu ; 

  • le salaire maintenu au cours de l’arrêt maladie doit être au moins égal au montant des IJSS. 

Exemple : un salarié est en arrêt maladie et le montant des IJSS est de 35,63 € par jour. L’employeur peut procéder à la subrogation si : 

  • il est prévu qu’une partie ou la totalité du salaire brut du salarié lui est versée pendant son arrêt maladie ; 

  • le montant du salaire maintenu par l’employeur est au moins égal à 35,63 € par jour. 

La subrogation par l’employeur n’est pas une obligation : ce dernier peut en faire la demande lorsqu’il signale l’arrêt maladie via la DSN. L’employeur doit sélectionner l’option « Subrogation » ou « Demande de subrogation en cas de maintien de salaire » et indiquer : 

  • les dates de début et de fin de subrogation ; 

  • le numéro du compte bancaire sur lequel seront versées les IJSS. 

⚠️ Attention : lorsque le mécanisme de maintien de salaire en entreprise ne permet pas d’y recourir pendant la totalité de l’arrêt maladie, la subrogation ne peut pas durer pendant tout l’arrêt maladie. Elle prend fin en même temps que le maintien de salaire. 

Exemple : l’arrêt maladie est de 90 jours, mais le maintien de salaire n’est que de 60 jours. Ainsi, la subrogation ne peut être que de 60 jours. L’employeur doit donc indiquer une date de fin de subrogation différente de la date de fin de l’arrêt maladie. La sécurité sociale verse elle-même les IJSS au salarié pour la période restante.

Lorsque l’employeur fait une demande de subrogation de salaire, les IJSS lui sont versées dans un délai de 14 jours sans autre démarche. 

💡 Bon à savoir : lorsque l’employeur procède à un maintien de salaire, il peut demander à réaliser une contre-visite médicale en cas de doute sur l’état de santé du salarié.

Les IJSS doivent-elles apparaître sur la fiche de paie en cas de subrogation par l’employeur ?

En cas de subrogation par l’employeur, il est obligatoire de faire figurer les IJSS sur la fiche de paie. La sécurité sociale met à la disposition des employeurs pratiquant la subrogation un bordereau de paiement des indemnités journalières afin de faciliter leur intégration en paie. 

Les IJSS n’étant pas soumises à cotisations sociales, l’employeur doit obligatoirement calculer la garantie du net lorsqu’un accord collectif prévoit le maintien du net. En effet, cela évite que le salaire pendant l’arrêt maladie soit plus élevé que lorsque le salarié travaille. 

La formule de calcul de la garantie du net est la suivante.

Salaire brut - IJSS brut - salaire brut résiduel

Le montant de la garantie du net est déduit du salaire brut. 

💡 Bon à savoir : pour éviter les erreurs dans la subrogation par l’employeur, n’hésitez pas à recourir à un logiciel de gestion de la paie et des RH

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