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La durée de chaque prescription médicale est désormais strictement encadrée par la loi (31 jours maximum pour un arrêt initial).
La durée totale d’indemnisation par la CPAM est plafonnée dans la plupart des cas (360 IJ sur 3 ans), sauf exception comme les affections de longue durée (ALD) ou les maladies professionnelles.
Un arrêt maladie, même de longue durée, ne constitue pas à lui seul un motif de licenciement.
Le salarié continue d'acquérir des congés payés pendant son arrêt, et l'employeur doit généralement verser un complément de salaire dès un an d'ancienneté.
Lorsqu'un état de santé ne permet plus à un salarié d'exercer son activité professionnelle, un médecin peut lui prescrire un arrêt de travail pour maladie. Durant cette période, le travailleur suspend temporairement son activité et peut, sous certaines conditions, percevoir des indemnités destinées à compenser sa perte de revenus.
Selon l'étude annuelle 2026 de Malakoff Humanis, près d'un salarié du secteur privé sur trois a été arrêté au moins une fois en 2025. Les troubles psychologiques constituent désormais la première cause des arrêts de plus de 30 jours.
Mais combien de temps un arrêt maladie peut-il durer ? Depuis le 1er septembre 2026, la réglementation encadre désormais la durée de chaque prescription médicale : un arrêt initial est limité à 31 jours et chaque prolongation à 62 jours. En parallèle, la durée pendant laquelle les indemnités journalières peuvent être versées reste soumise à des règles spécifiques qui varient selon la situation du salarié (maladie ordinaire, affection de longue durée ou maladie professionnelle).
Jusqu'à récemment, la durée des arrêts de travail n’était soumise à aucun plafonnement légal. Le médecin fixait librement la durée de la prescription. Cependant, la réglementation a été strictement encadrée en 2026.
Désormais, le décret du 12 juin 2026 limite la durée des arrêts et des prolongations prescrits à compter du 1er septembre 2026.
Voici les nouveaux plafonds que les médecins doivent respecter pour chaque certificat médical :
la première prescription (arrêt initial) ne peut plus dépasser 31 jours ;
les prolongations d’arrêt ne peuvent pas dépasser 62 jours.
Si l'état de santé nécessite un arrêt plus long, le médecin devra donc procéder à des renouvellements réguliers en respectant ces plafonds de jours pour chaque nouvelle prescription.
💡 Bon à savoir : lorsqu’il participe à indemnisation de l’arrêt maladie, l'employeur a le droit de diligenter une contre-visite médicale, afin de vérifier si l'arrêt (et sa durée) est médicalement justifié.
Si la prescription médicale est désormais plafonnée par période (31 jours initiaux, puis 62 jours par prolongation), l'indemnisation par la CPAM est elle aussi limitée dans le temps. Le salarié perçoit des Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS) dont la durée de versement globale dépend de la nature de la maladie.
Pour un arrêt maladie classique, l’assuré ne peut percevoir plus de 360 indemnités journalières sur une période de 3 ans. Une fois ce quota atteint, la CPAM cesse l'indemnisation de l’arrêt maladie.
Ce plafond de 360 jours ne se limite pas à un arrêt continu. Il s'apprécie sur l'ensemble des arrêts maladie pris isolément ou cumulés sur une même période de 3 ans. Un salarié arrêté plusieurs fois pour des motifs différents voit ainsi chaque nouvelle indemnisation s'ajouter à son compteur, jusqu'à atteindre ce plafond global.
L'employeur ne peut en aucun cas utiliser le motif d’arrêt maladie trop long pour justifier un licenciement.
💡 Bon à savoir : les absences liées à un parcours de Procréation Médicalement Assistée (PMA) ne sont pas des arrêts maladie. Le salarié bénéficie d'autant d'absences que le protocole médical l'exige, sans limite de durée ou de contrôle médical équivalent à celui de l'arrêt maladie.
Une affection longue durée est une maladie dont la gravité et/ou le caractère chronique nécessite un traitement lourd et coûteux, impliquant un arrêt de travail d’une durée de 6 mois minimum.
Pour les salariés souffrant d’une ALD, les droits aux indemnités couvrent une période de 3 ans. Contrairement au cas général, il n’y a pas de limitation en nombre d’indemnités journalières.
📌 Exemple 1 : un salarié en arrêt maladie pour une ALD a perçu des indemnités journalières du 1er juin 2017 au 30 mai 2020. Au 1er juin 2020, il reprend son travail, mais il est de nouveau arrêté pour la même ALD à compter du 1er juillet 2020. Cet arrêt ne pourra pas être indemnisé par la Sécurité sociale, car la période de 3 ans d’indemnisation au titre de la même ALD est arrivée à échéance.
Dans le cas où il reprend le travail pendant au moins un an, une nouvelle période de 3 ans devient disponible.
📌 Exemple 2 : un salarié en arrêt maladie pour une ALD a perçu des indemnités journalières du 1er avril 2021 au 30 janvier 2024. Il a repris le travail le 1er février 2024, puis a été de nouveau arrêté au titre de la même ALD le 7 mai 2025. Grâce à sa reprise d’activité pendant plus d’un an, le salarié peut percevoir une indemnisation de son nouvel arrêt maladie. Il a de nouveau un droit aux indemnités journalières pour une durée de 3 ans.
💡 Bon à savoir : si, à l’issue de la période de 3 ans, le travailleur ne justifie pas d’un an de reprise d’activité, il peut être indemnisé s’il a perçu moins de 360 indemnités journalières au cours de la période de 3 ans.
Boîte à outils pour gérer les arrêts maladie
Quelle que soit la durée de l'arrêt, le salarié continue d'acquérir des droits à congés pendant son absence. Depuis la loi n° 2024-364, un arrêt maladie et congés payés d'origine non professionnelle ouvre droit à 2 jours ouvrables de congés par mois d'absence. Ce droit est plafonné à 24 jours ouvrables par an. Pour un accident du travail ou une maladie professionnelle, l'acquisition reste fixée à 2,5 jours ouvrables par mois, sans changement lié à cette réforme.
En parallèle des indemnités versées par la CPAM, l'employeur doit généralement verser un complément de salaire maladie. Cette obligation s'applique dès que le salarié justifie d'un an d'ancienneté. Ce complément s'ajoute aux indemnités journalières pour maintenir la rémunération. Son montant et sa durée varient selon l'ancienneté et la convention collective applicable. L'employeur reste par ailleurs tenu de transmettre l'attestation de salaire nécessaire au calcul des indemnités, faute de quoi le versement peut être retardé.
L’arrêt de travail peut être prescrit à la suite d’une maladie professionnelle, c’est-à-dire d’une maladie contractée du fait de l’activité exercée. Certaines pathologies sont présumées d’origine professionnelle lorsqu’elles figurent dans les tableaux des maladies professionnelles prévus par la réglementation.
En cas de maladie professionnelle reconnue, les indemnités journalières sont versées dès le premier jour suivant l’arrêt de travail, sans application d’un délai de carence, et pour toute la durée de son incapacité de travail. Il n’existe donc pas de durée maximale d’indemnisation en cas de maladie professionnelle, dès lors que l’incapacité de travail se poursuit.
Boîte à outils pour gérer les arrêts maladie
L'indemnité est indexée sur le salaire : elle correspond à 50 % du salaire journalier de base. Elle est plafonnée à 1,4 SMIC, soit 42,97 € par jour pour les arrêts prescrits à compter du 1er juillet 2026. Ce plafond est réévalué chaque année en fonction du SMIC : pensez à vérifier le montant en vigueur au moment de l'arrêt.
Si la durée de l’arrêt maladie empiète sur un congé payé, il est possible de reporter le congé en question. En effet, ces périodes sont censées servir au repos du salarié et non à la convalescence.
Oui, selon le Code du travail, l'employeur doit verser une indemnité complémentaire venant s'ajouter aux IJSS, afin de garantir un maintien de salaire pendant l'arrêt maladie. Ce maintien s'applique généralement si le salarié a au moins un an d'ancienneté, et son montant ainsi que sa durée dépendent souvent des dispositions (parfois plus favorables) de la convention collective applicable.
Lorsqu'un médecin prescrit une prolongation de l'arrêt maladie, l'arrêt est considéré comme continu. Par conséquent, le délai de carence de 3 jours ne s'applique qu'une seule fois au début de l'arrêt initial. Pour la prolongation, le salarié perçoit ses indemnités journalières dès le premier jour, sans nouvelle interruption de paiement.
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