Comment faire un bulletin de paie en cas d'arrêt maladie ?

Lorsqu’un salarié est en arrêt maladie, son contrat est suspendu, ce qui signifie qu’il ne perçoit pas de salaire au sens strict. Il peut toutefois bénéficier des indemnités journalières versées par l’Assurance Maladie, et, sous certaines conditions, du maintien partiel ou total de sa rémunération par l’employeur.

Le calcul et le versement de ces sommes influent directement la présentation et le traitement de l’arrêt maladie sur la fiche de paie. Il est donc essentiel de bien distinguer les différentes sources de revenus et de mentionner clairement les indemnités versées pour garantir la transparence et la conformité du document.

Faut-il remettre un bulletin de salaire en arrêt maladie ? 

Même si le salarié est absent de l’entreprise et que son salaire n’est plus versé directement, l’employeur reste tenu de délivrer une fiche de paie. Cette obligation légale s’applique quel que soit le motif de l’absence, y compris pour les arrêts maladie, maternité ou accidents du travail.

Délivrer le bulletin de paie même en l’absence du salarié permet en effet d’assurer la traçabilité et la transparence de la rémunération, de faciliter le suivi administratif et de prévenir tout litige ultérieur avec le salarié ou l’administration.

Quels sont les revenus de remplacement durant l'absence ?

En principe, le salaire en arrêt maladie est suspendu, mais le salarié peut percevoir deux types de revenus de remplacement, les Indemnités Journalières de la Sécurité Sociale (IJSS) ou l'indemnité complémentaire (ou maintien de salaire).

Indemnités journalières de la Sécurité sociale

Les IJSS sont versées par la Caisse Primaire d'Assurance Maladie (CPAM), sous réserve que le salarié remplisse certaines conditions. À la date de l’arrêt, il doit justifier de l'une de ces deux situations : 

• soit d’avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 derniers mois (ou 90 jours) précédant l’arrêt ;

• soit d’avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 1 015 fois le SMIC horaire au cours des 6 derniers mois précédant l’arrêt.

Elles peuvent être versées directement au salarié par la CPAM, ou via l’employeur dans le cadre de la subrogation. Dans ce cas, la CPAM verse les indemnités à l’employeur, qui les reverse ensuite au salarié.

⚠️ Attention : un délai de carence de 3 jours s'applique, les indemnités ne sont versées qu’à partir du 4ᵉ jour d’arrêt.

Maintien de salaire

Le maintien de salaire est obligatoire dès lors que votre salarié remplit les conditions fixées par le Code du travail ou par votre convention collective. En tant qu'employeur, la règle d'or est simple : vous devez toujours appliquer le dispositif le plus favorable pour votre collaborateur.

Sur la fiche de paie, ce maintien se traduit par une ligne précisant son taux et son montant, directement dans la rubrique "Rémunération brute".

Le calcul de cette indemnité complémentaire s'effectue généralement ainsi : Complément employeur = Maintien de salaire attendu – IJSS brutes – (Éventuelle indemnité de prévoyance)

L’indemnité complémentaire est soumise aux cotisations sociales, CSG et CRDS. Il s’agit d’un revenu imposable, sur lequel l’employeur doit appliquer le prélèvement à la source.

⚠️ Attention : en cas d’arrêt lié à un accident du travail, un accident de trajet ou une maladie professionnelle, les règles de paie diffèrent de celles applicables aux maladies ordinaires. Pour faciliter leur traitement, il existe des logiciels de paie capables de générer automatiquement les bulletins selon l’origine de l’arrêt de travail.

Quelles sont les mentions obligatoires du bulletin de salaire en arrêt maladie ?

Le contenu de la fiche de paie dépend directement du montant et des modalités de l’indemnisation de l’arrêt maladie.

⚠️ Attention : le temps d'absence doit obligatoirement apparaître sur le bulletin de paie, mais sans mention du motif médical (respect de la vie privée et du secret médical). La ligne de déduction peut être libellée : "Absence non rémunérée", "Retenue pour absence" ou "Absence maladie" (formulation générique acceptée). En revanche, la nature exacte de la pathologie ne doit jamais figurer sur la fiche de paie.

Cas n°1 : le bulletin de paie sans subrogation

Lorsque la CPAM verse les indemnités directement au salarié, le montant des IJSS n’apparaît pas sur le bulletin de salaire, car l’employeur n’en est pas l’origine.

Dans cette configuration, les seules modifications sur la fiche de paie concernent :

• la ligne de retenue pour absence ;

• l'éventuel complément de salaire si l’employeur y est tenu.

Ainsi, sans subrogation, une fiche de salaire peut afficher un net à payer de 0 €. Par exemple, si le salarié est absent tout le mois et qu’aucune obligation de maintien de salaire n’existe, le net à payer sera nul.

💡 Bon à savoir : vous pouvez utiliser un modèle de bulletin de paie avec IJSS sans subrogation.

📌 Exemple : fiche de salaire sans subrogation

Cas n°2 : le bulletin de paie avec subrogation

Lorsque l’employeur choisit la subrogation et verse lui-même les IJSS au salarié, ces indemnités doivent figurer sur la fiche de paie de l’arrêt maladie.

La subrogation peut couvrir toute la durée de l'arrêt maladie ou seulement une partie, et se demande lors de l’établissement de l’attestation de salaire DSN au moment de l'arrêt. 

En cas de prolongation de l'arrêt maladie, l’employeur doit continuer à appliquer la subrogation s’il l’a mise en place initialement et transmettre une nouvelle attestation de salaire destinée à la CPAM pour la période prolongée. Deux rubriques feront alors état du montant des indemnités versées :

• la rubrique "Rémunération brute" intégrera, en plus de la "retenue absence maladie", une ligne de déduction des IJSS brutes, afin que le salarié ne cotise pas deux fois sur la même somme.

• la rubrique "Indemnités non soumises" (en bas de bulletin) comprendra une nouvelle ligne intégrant les IJSS nettes, après déduction de la CSG/CRDS de 6,7 % prélevée par la CPAM.

L'employeur a le choix entre calculer tout de suite le montant des IJSS et les avancer, ou attendre leur versement par la CPAM. Dans cette deuxième hypothèse, l’employeur calcule le montant brut des IJSS à partir du montant net perçu de l’Assurance Maladie.

💡 Bon à savoir :les IJSS sont soumises à la CSG au taux de 6,20 % (dont 3,80% déductible de l'impôt sur le revenu et 2,40% non déductible) et à la CRDS au taux de 0,50 %, soit un total de 6,70 %. Elles sont exonérées de cotisations sociales.

📌 Exemple : fiche de salaire avec subrogation en cas de maintien partiel

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