Offre valable pour le plan Paie avancée. Applicable aux entreprises de plus de 10 salariés et dans la limite des 99 collaborateurs qui souscrivent à PayFit entre le 21 avril et le 30 mai 2026. Les conditions d'annulation applicables sont celles prévues dans nos Conditions Générales de Services. Des frais de mise en place peuvent être appliqués.
Informations pratiques pour traiter un arrêt maladie en pharmacie d’officine : obligations de chaque partie, IJSS et subrogation, délais généraux, éventuel complément employeur, prévoyance de branche, cas particuliers, reprise et traçabilité en paie.
Toutes les officines relevant de l’IDCC 1996
Pharmacie d’officine, Santé
De l'information de l'absence à la reprise, voici le processus complet avec les documents et responsables associés.
| Étape | Responsable | Document principal | Objectif |
|---|---|---|---|
| Information de l’absence | Salarié | Message interne | Alerter l’employeur et organiser le service |
| Transmission de l’arrêt | Salarié | Volets destinés à l’employeur | Justifier l’absence et déclencher les démarches |
| Attestation de salaire | Employeur | Attestation de salaire | Permettre le calcul et le versement des IJSS |
| DSN arrêt | Employeur | DSN évènementielle | Déclarer l’arrêt et, si choisi, la subrogation |
| Paie du mois | Employeur | Bulletin de paie | Distinguer absence, IJSS et maintien éventuel |
| Prévoyance (si applicable) | Employeur/Assureur | Dossier de sinistre | Mettre en œuvre les garanties incapacité |
| Prolongation ou reprise | Salarié/Employeur | Arrêt prolongé ou convocation | Actualiser les déclarations et organiser la reprise |
L'arrêt maladie suspend le contrat de travail pendant la période d'inaptitude médicalement constatée. Il ouvre, sous conditions légales, le droit à des indemnités journalières versées par l'Assurance maladie (IJSS) et, le cas échéant, à un complément employeur lorsque la convention collective, la loi ou un accord le prévoient. En officine, le traitement d'un arrêt repose sur des réflexes clés :
information rapide ;
justificatifs probants ;
déclarations via la DSN ;
articulation précise entre IJSS, maintien éventuel et prévoyance de branche.
⚠️ Attention : les durées, taux et délais applicables relèvent des textes étendus de la Pharmacie d'officine, du Code de la sécurité sociale et du Code du travail.
Le salarié en arrêt maladie a trois obligations principales : informer l'employeur, transmettre les justificatifs et rester disponible administrativement.
Le salarié informe l'employeur dès que possible par le moyen habituel (procédure interne, contact hiérarchique), sans divulguer son diagnostic. Il transmet les volets employeur de l'arrêt initial et des prolongations dans les délais légaux (généralement sous 48 heures).
Pour les prolongations :
elles doivent être ininterrompues (sans reprise entre deux arrêts) et médicalement justifiées ;
en cas de rechute après reprise, un nouvel arrêt distinct peut être prescrit selon les règles de l'Assurance maladie.
💡 Bon à savoir : cette information permet à l'employeur d'organiser le service et de lancer les démarches de paie et DSN.
Le salarié doit rester joignable pour les formalités (justificatifs complémentaires, attestations) et respecter les horaires de sortie autorisés fixés par l'Assurance maladie, sauf dérogation médicale.
⚠️ Attention : le non-respect des horaires de sortie ou le refus d'un contrôle médical peut entraîner une suspension ou une réduction des IJSS.
L'employeur établit l'attestation de salaire destinée à l'Assurance maladie afin de permettre le calcul et le versement des IJSS. La déclaration sociale nominative (DSN) porte les informations d'arrêt, les périodes concernées et, le cas échéant, l'option de subrogation lorsque des sommes sont maintenues au salarié.
⚠️ Attention : La cohérence entre paie et DSN est déterminante pour éviter des écarts de calcul ou des retards d'indemnisation.
Le maintien partiel ou total de la rémunération peut résulter des textes légaux, de la convention collective Pharmacie d'officine, d'un accord ou d'un usage.
Les critères d'éligibilité portent sur :
l'ancienneté ;
la justification ;
les conditions de prise en charge ;
l'assiette et les modalités d'imputation des IJSS.
En cas de maintien, la paie doit distinguer les parts employeur et les IJSS, et appliquer, si choisi, la subrogation.
L'employeur assure :
le suivi des échéances (prolongations, date prévisionnelle de reprise) ;
la coordination des visites médicales liées à la reprise lorsque la loi l'impose ;
la conservation des pièces utiles.
Les mentions sur le bulletin de paie doivent permettre de reconstituer le calcul et d'expliquer le net à payer et le net imposable.
Les indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS) compensent partiellement la perte de salaire pendant un arrêt maladie. Elles sont versées par l'Assurance maladie après un délai de carence de 3 jours, calculées sur les salaires bruts antérieurs dans la limite du plafond de la Sécurité sociale.
La subrogation permet à l'employeur de percevoir directement les IJSS à la place du salarié lorsqu'il pratique un maintien de salaire. L'employeur verse le maintien au salarié et déduit ensuite les IJSS reçues de la caisse.Pour l'activer : l'employeur déclare l'option dans la DSN au moment de l'arrêt.
💡 Bon à savoir : le salarié reçoit un paiement unique via son bulletin de paie, sans avoir à gérer les flux de la caisse.
Avec subrogation : le bulletin affiche le maintien, les IJSS subrogées et le complément employeur net.
Sans subrogation : le salarié reçoit les IJSS directement de la caisse par virement séparé, et le complément employeur via la paie.
Les IJSS sont imposables et soumises à la CSG/CRDS, mais exonérées de cotisations sociales. Le complément employeur suit les règles d'assujettissement classiques.
Le délai de carence correspond à une période non indemnisée au début d'un arrêt maladie. Dans la branche Pharmacie d'officine, sa durée varie selon qu'il s'agit des IJSS versées par l'Assurance maladie ou du maintien de salaire pratiqué par l'employeur, et selon le statut du salarié.
Le délai de carence légal pour les indemnités journalières de la Sécurité sociale est de 3 jours. Concrètement :
les IJSS ne sont versées qu'à partir du 4e jour d'arrêt ;
ce délai s'applique à chaque nouvel arrêt initial, sauf en cas de prolongation ininterrompue.
Exception : en cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle, il n'y a aucun délai de carence.
💡 Bon à savoir : si un salarié reprend le travail puis s'arrête à nouveau dans un délai de moins de 48 heures, la prolongation est considérée comme continue et aucun nouveau délai de carence ne s'applique.
Les montants, pourcentages et délais varient selon les textes applicables et la situation du salarié. Veillez toujours confronter la paie aux textes étendus de la branche et aux dispositions légales en vigueur.
Les règles diffèrent selon le statut conventionnel du salarié.
➡️ Salariés assimilés-cadres (coeff. ≥ 330 et < 400)
Des dispositions spécifiques existent pour les cadres ayant une ancienneté supérieure à 1 an.
Après 1 an d'ancienneté, le maintien du salaire brut s'applique du 4e au 30e jour d'absence en cas de maladie ou accident ordinaire. Le délai de carence est donc de 3 jours.
En cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle : le maintien s'applique dès le 1er jour, sans délai de carence.
⚠️ Attention : le délai de carence ne s'applique que si le salarié avait déjà 1 an d'ancienneté au moment du début de l'arrêt. Si l'ancienneté est atteinte en cours d'arrêt, celui-ci n'ouvre pas droit au maintien.
➡️ Salariés non-cadres (coefficient < 330)
La CCN Pharmacie d'officine ne prévoit pas de maintien de salaire conventionnel pour les salariés non-cadres. Cependant, le maintien de salaire légal prévu par l'article L. 1226-1 du Code du travail s'applique :
le délai de carence est de 7 jours pour les arrêts de maladie ordinaire ;
le maintien légal démarre à partir du 8e jour d'absence ;
condition : avoir au moins 1 an d'ancienneté dans l'entreprise.
En cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle : le Code du travail prévoit un maintien dès le 1er jour, sans délai de carence.
💡 Bon à savoir : même sans maintien conventionnel, les salariés non-cadres bénéficient des indemnités complémentaires versées par le régime de prévoyance de branche (annexe IV-1 de la CCN), qui peuvent réduire ou compenser le délai de carence selon les garanties souscrites.
Les salariés à temps partiel, apprentis ou en CDD et intérim bénéficient des mêmes droits en cas d'arrêt maladie, avec des ajustements selon leur situation.
Les IJSS et maintien de salaire s'apprécient au prorata du temps de travail. Les attestations de salaire et déclarations DSN reflètent les montants ajustés.
Les IJSS sont calculées sur la rémunération d'apprenti (pourcentage du SMIC). Le maintien de salaire nécessite 1 an d'ancienneté, rarement atteint.
Les IJSS s'appliquent comme pour les CDI. Le maintien de salaire nécessite 1 an d'ancienneté.
⚠️ Attention : l'arrêt suspend le contrat mais ne le prolonge pas. Le contrat prend fin à la date prévue. Le salarié peut continuer à percevoir les IJSS après la fin du contrat s'il remplit les conditions.
La reprise du travail après un arrêt maladie nécessite, dans certains cas, l'organisation d'une visite de reprise et peut aboutir à des aménagements de poste ou, le cas échéant, à une constatation d'inaptitude.
La visite de reprise par le service de prévention et de santé au travail est obligatoire dans les cas suivants :
arrêt pour maladie ou accident non professionnel d'au moins 60 jours ;
arrêt pour accident du travail d'au moins 30 jours ;
arrêt pour maladie professionnelle, quelle que soit la durée ;
congé maternité.
Elle doit être organisée le jour de la reprise effective ou au plus tard dans les 8 jours suivant la reprise.
💡 Bon à savoir : la visite vise à vérifier l'aptitude du salarié à reprendre son poste et à proposer, si nécessaire, des aménagements.
À l'issue de la visite, le médecin du travail peut :
déclarer le salarié apte à reprendre son poste sans restriction ;
proposer un aménagement du poste ou des horaires (reprise progressive, adaptation des tâches) ;
préconiser un reclassement sur un autre poste ;
constater une inaptitude totale à occuper le poste.
En cas d'inaptitude : l'employeur doit engager une procédure de recherche de reclassement conformément au Code du travail. Si le reclassement est impossible, un licenciement pour inaptitude peut être envisagé.
⚠️ Attention : l'ensemble des échanges, préconisations médicales et décisions doit être consigné pour assurer la traçabilité et la conformité juridique.
La traçabilité repose sur des libellés clairs en paie et en DSN, ainsi que sur la conservation des justificatifs.
Sur le bulletin de paie : distinguer l'absence pour maladie, le maintien de salaire, les IJSS (avec ou sans subrogation) et les compléments éventuels (prévoyance).
En DSN : déclarer les périodes d'arrêt (dates), l'option de subrogation et les montants selon les référentiels (code CTP, IJSS subrogées).⚠️ Attention : toute incohérence entre paie et DSN peut entraîner des rejets ou des retards de versement des IJSS.
L'employeur doit conserver :
le volet employeur de l'arrêt maladie ;
l'attestation de salaire transmise à l'Assurance maladie ;
les décomptes IJSS et notifications de prévoyance ;
les comptes rendus de visite de reprise.
💡 Bon à savoir : un circuit interne clair (réception, contrôle, classement) renforce la conformité et facilite les réponses en cas de contrôle Urssaf ou inspection du travail.
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Information à caractère informatif, sans conseil juridique.
Dernière vérification le 2026‑02‑23.
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Le salarié informe l’employeur rapidement et transmet les volets destinés à l’entreprise. L’employeur établit l’attestation de salaire et déclare l’arrêt en DSN. Les délais et modalités relèvent du Code de la sécurité sociale et de la DSN.
Non. La subrogation est une option utilisée lorsque l’employeur maintient une rémunération. Elle lui permet de percevoir les IJSS à la place du salarié et de les imputer sur le maintien. L’option se formalise via la DSN selon les règles en vigueur.
Un délai de carence peut exister pour les IJSS et pour un éventuel complément employeur. Son existence, sa durée et ses modalités résultent des textes légaux et, le cas échéant, des stipulations de la branche. Il convient de vérifier les sources à jour.
Les principes restent identiques : information, justificatifs, IJSS, maintien éventuel et DSN. De plus, les droits et montants s’apprécient selon la quotité de travail et les textes applicables. À noter qu'aucune valeur chiffrée ne doit être présumée.
Selon la durée et la nature de l’arrêt, une visite de reprise peut être organisée par le service de prévention et de santé au travail. Elle vise à apprécier l’aptitude et, si nécessaire, à proposer des aménagements ou une reprise progressive.
Le maintien éventuel relève de la loi, de la CCN et des accords applicables. La prévoyance de branche peut prévoir des garanties incapacité ; leurs conditions figurent dans les notices et accords. Les flux se coordonnent avec les IJSS et la paie.
Non, le diagnostic est couvert par le secret médical. L’employeur reçoit uniquement les informations nécessaires à la gestion administrative de l’absence et des déclarations.
Le bulletin de paie distingue l’absence maladie, les IJSS (subrogées ou non), le maintien et les compléments. Les libellés rendent le calcul lisible et cohérent avec la DSN et les décomptes de l’Assurance maladie.
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