Comment comptabiliser les IJSS sur une fiche de paie ?

En cas d’arrêt maladie, d'accident du travail, de congé maternité, etc., le salarié peut percevoir des Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS) sur la fiche de paie. Ces dernières sont versées par la Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM) afin de compenser, en partie, la perte de rémunération liée à son absence.

Lorsque l’employeur pratique la subrogation, il perçoit directement les IJSS de la CPAM et continue de verser le salaire au salarié. Dans cette situation, les IJSS doivent être intégrées et correctement comptabilisées sur la fiche de paie afin de garantir la conformité du bulletin et le calcul exact de la rémunération.

Qu’est-ce que les IJSS ? 

Une IJSS est une indemnité versée par la Sécurité sociale en cas d’arrêt de travail d’un salarié. Cette dernière vise à compenser la perte de salaire du fait de la suspension du contrat de travail pendant l’arrêt maladie. 

Cette indemnisation par la Sécurité sociale n’est toutefois pas automatique. L’employeur doit fournir une attestation de salaire à la CPAM. Cette attestation permet à la Sécurité sociale de calculer le montant des indemnités journalières à verser au salarié.

Quelles sont les conditions pour bénéficier des IJSS ?

Pour percevoir des indemnités journalières de Sécurité sociale, le salarié doit justifier d'un nombre minimum d'heures travaillées ou d'un montant spécifique de cotisations salariales. La réglementation encadre rigoureusement ces critères en distinguant les conditions liées à l'activité professionnelle et les obligations administratives que le salarié doit respecter durant son absence.

Conditions d'activité 

L'ouverture des droits aux indemnités journalières nécessite de remplir des critères précis liés à l'activité professionnelle du salarié avant la date de début de son arrêt. Le Code de la Sécurité sociale impose des seuils minimaux pour garantir que le collaborateur participe effectivement au système de cotisations. Pour une maladie non professionnelle d'une durée inférieure à six mois, le collaborateur doit impérativement justifier de l'une des deux conditions suivantes :

• avoir travaillé au moins 600 heures au cours des 12 mois civils ou des 365 jours consécutifs précédant l'arrêt de travail ;

• avoir cotisé sur une rémunération au moins égale à 2 030 fois le SMIC horaire au cours des 12 mois civils antérieurs à l'arrêt.

En 2026, cette seconde condition de cotisation correspond à une base salariale d'au moins 24 989,30 €.

Conditions administratives 

Le collaborateur placé en arrêt maladie reste soumis à des obligations. Les démarches administratives initiales conditionnent l'intégralité de la prise en charge financière par l'Assurance Maladie. Pour être en conformité, le salarié doit obligatoirement satisfaire plusieurs points :

• obtenir une prescription médicale en bonne et due forme justifiant son incapacité de travail ;

• transmettre les volets correspondants à son employeur ainsi qu'à sa caisse d'assurance maladie dans un délai strict de 48 heures ;

• respecter les heures de présence obligatoires à son domicile, à l'exception des sorties expressément autorisées par le praticien sur l'arrêt ;

• se soumettre sans réserve aux éventuels contrôles médicaux diligentés par l'Assurance Maladie ou par l'entreprise ;

• s'abstenir d'exercer la moindre activité rémunérée ou non autorisée pendant toute la durée de la prescription médicale.

⚠️ Attention : en cas de recours à une téléconsultation avec un médecin différent du médecin traitant habituel ou de la sage-femme référente, la durée de l'arrêt maladie initial délivré ne peut légalement excéder trois jours consécutifs.

Quel est le montant des IJSS en 2026 ?

Le montant des IJSS correspond à 50 % du salaire journalier de référence du salarié, ce dernier étant strictement plafonné selon les barèmes annuels de la Sécurité sociale.

Le calcul s'appuie systématiquement sur la moyenne des salaires bruts des trois mois précédant l'arrêt de travail. En 2026, ce salaire journalier de référence est pris en compte dans la limite de 1,4 fois le SMIC mensuel en vigueur, ce qui correspond à un montant journalier brut de 42,97 € / jour.

👉 À noter : ces indemnités supportent deux prélèvements sociaux obligatoires. Elles sont assujetties à la CSG au taux de 6,2 % et à la CRDS au taux de 0,5 %. La CPAM effectue directement cette retenue avant tout versement. 

Le service Payfit intègre l'ensemble de ces variables réglementaires et met à jour automatiquement les taux et les plafonds applicables au calcul de la paie.

Dans quels cas les IJSS doivent-elles figurer sur une fiche de paie ?

Les IJSS sur une fiche de paie doivent obligatoirement être inscrites lorsque l'entreprise décide de mettre en place le mécanisme de la subrogation de salaire pour ses employés.

En l'absence de subrogation, le salarié perçoit le montant de ses indemnités directement depuis la Sécurité sociale. L'employeur n'effectue alors aucun versement de remplacement et n'a pas à faire figurer ces sommes dans les revenus du bulletin de paie. Il se contente d'appliquer une retenue classique pour absence maladie.

💡 Bon à savoir : les IJSS sont versées tous les 14 jours, pour chaque jour calendaire (week-ends et jours fériés inclus).

À l'inverse, si l'entreprise maintient le complément de salaire pour maladie et demande la subrogation, elle perçoit les indemnités à la place du collaborateur pour les lui reverser. La fiche de paie doit alors afficher clairement ces montants au titre des revenus de remplacement.

👉 À noter : les modalités de maintien de salaire varient fortement selon votre secteur d'activité, à l'image des règles spécifiques prévues par la convention collective de l'immobilier. Payfit paramètre la convention collective de votre entreprise pour appliquer automatiquement les règles de maintien correspondantes.

Comment faut-il déduire les IJSS sur une fiche de paie ? 

Lorsque l’employeur ne recourt pas au mécanisme de subrogation, il doit simplement déduire du salaire les jours d’absence pour maladie. 

Dans le cadre de la subrogation par l’employeur, ce dernier n’a pas à déduire de cotisations sociales sur les IJSS pour les faire passer d’IJSS brutes à net. En effet, ces dernières sont exonérées de cotisations sociales : la Sécurité sociale déduit ainsi directement la CSG et la CRDS des IJSS brut et indique le montant net à verser au salarié par l’employeur via le bordereau de paiement des indemnités journalières.

L’indemnisation en cas d’arrêt maladie d’un salarié ne doit pas permettre au salarié de percevoir une rémunération supérieure à celle qu’il aurait perçu en travaillant. Si tel est le cas, l’employeur doit procéder au calcul de la garantie du net : salaire brut - IJSS brut - salaire brut résiduel. 

L'employeur déduit ce montant du salaire brut du salarié, ce qui correspond ainsi au montant net du salaire à verser avec IJSS sur la fiche de paie.

Tableau comparatif des IJSS avec et sans subrogation

💡 Bon à savoir : si le salarié perçoit directement ses IJSS, il peut trouver le décompte sur son espace personnel Ameli. En cas de subrogation, c’est l’employeur qui peut trouver ce décompte sur le portail Net-entreprises.

La gestion des indemnités journalières, le suivi des subrogations et le calcul de la garantie du net nécessitent une rigueur absolue pour éviter les erreurs de paie et les litiges prud'homaux. Les évolutions légales constantes rendent cet exercice particulièrement contraignant pour les entreprises.

Payfit gère l'intégralité de ces processus de paie et de conformité. De la déclaration initiale en DSN jusqu'à l'application automatique des maintiens de salaires conventionnels sur les bulletins, notre service sécurise vos obligations réglementaires tout en vous laissant la main sur la validation. Ainsi, vous gagnez du temps pour vous concentrer sur le développement de votre activité.

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