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Les situations de santé peuvent nécessiter de prolonger un arrêt maladie initial. Cette prolongation répond à des règles précises pour éviter la réapplication du délai de carence : durée maximale d’un arrêt maladie, médecin compétent, délais d’envoi, indemnisation, reprise du travail, etc., pour éviter les litiges avec la CPAM.
Avant de gérer la paie ou d’organiser un remplacement interne, vous devez comprendre comment fonctionne une prolongation d’arrêt maladie et ce qu’elle implique pour le salarié et l’employeur. PayFit fait le point pour vous.
La prolongation d’un arrêt maladie consiste à étendre la période d’arrêt initial lorsqu’un état de santé ne permet pas la reprise du travail. Elle doit obligatoirement être prescrite avant la fin du premier arrêt, sans rupture entre les dates.
Elle ouvre droit aux indemnités journalières, dans les mêmes conditions que l’arrêt initial, si les critères d’ouverture de droits sont remplis.
💡 Bon à savoir : le salarié doit transmettre l’avis de prolongation dans les 48h à la CPAM et prévenir l’entreprise dans les délais prévus par sa convention collective.
La prolongation d’un arrêt maladie doit être prescrite par :
le médecin qui a prescrit l’arrêt initial ;
le médecin traitant du salarié ;
ou un spécialiste consulté dans le cadre du parcours de soins coordonnés.
⚠️ Attention : lorsqu’un médecin autre que le médecin traitant intervient, la prolongation d’arrêt n’est possible que de façon exceptionnelle et dûment justifiée. En 2025-2026, si la prolongation s’effectue en téléconsultation, ce même principe de limitation s’applique : un médecin non traitant ne peut accorder qu’une prolongation maximale de 3 jours, au-delà de laquelle une consultation en présentiel est obligatoire.
Il n’existe aucune limite légale au nombre de prolongations possibles. Cependant :
pour une maladie non liée à une ALD (Affection Longue Durée), l’indemnisation de l’arrêt maladie est plafonnée à 360 jours sur 3 ans ;
pour une ALD, les IJSS peuvent être versées pendant 3 ans maximum, sans limite de prolongation.
📌 Exemple : un arrêt maladie pour dépression peut être prolongé plusieurs mois si l’état de santé le justifie et si les conditions médicales sont remplies.
Si le salarié a repris son poste, même brièvement, et qu’un nouveau problème de santé survient, la situation ne constitue plus une prolongation, mais un nouvel arrêt maladie. En effet, il y a eu une interruption entre les deux périodes d’arrêt. Le traitement de la situation dépend alors du profil du salarié, de la nature de son activité et de la date exacte de reprise.
⚠️ Attention : si la reprise a été très courte (1 ou 2 jours) et que le certificat médical précise qu’il s’agit d’une rechute, la CPAM peut accepter une prolongation dans la continuité. Une condition tout de même : le médecin doit respecter le délai de prescription et justifier l’absence d’interruption réelle dans la prise en charge médicale.
Oui, une prolongation peut être prescrite après une déclaration d'inaptitude :
inaptitude temporaire : le salarié peut rester en arrêt maladie ;
inaptitude définitive : l’arrêt peut être prolongé jusqu’à la fin de la procédure (reclassement ou licenciement pour inaptitude).
L'avis d’inaptitude ne met pas automatiquement fin à l’arrêt : les indemnités (IJSS) peuvent continuer durant la procédure de reclassement.
Guide des congés et absences
La rupture conventionnelle est possible durant un arrêt maladie, y compris prolongé, à condition que le consentement du salarié soit libre et éclairé. La prolongation n'empêche donc pas la rupture conventionnelle, mais impose une grande vigilance dans la procédure.
👉 À noter : l'arrêt maladie prolongé n’interrompt ni le préavis de démission, ni le préavis de rupture conventionnelle, sauf disposition conventionnelle contraire.
La CPAM ou l’employeur peuvent contester la prolongation s’ils estiment qu’elle n’est pas justifiée.
1. Contestation par la CPAM :
elle demande l'avis au médecin conseil ;
possibilité de suspendre les IJSS ;
convocation du salarié pour expertise médicale.
2. Contestation par l’employeur :
possible uniquement sur l’aspect administratif / absence injustifiée, car l’employeur n’est jamais l’auteur de l’appréciation médicale ;
impossible de contester le motif médical ;
possibilité de demander une contre-visite médicale.
⚠️ Attention : le salarié doit se tenir disponible à son domicile selon les heures de présence obligatoire.
La prolongation d’un arrêt maladie dépend du contexte médical et du dossier du salarié : grossesse, dépression, affection de longue durée ou accident du travail n’ouvrent pas les mêmes droits :
prolongation arrêt maladie grossesse : possible en cas de grossesse pathologique. Elle peut donner lieu à un congé pathologique de 14 jours avant le congé maternité, avec un versement d’IJSS selon les règles de l’Assurance maladie ;
prolongation arrêt maladie dépression : les arrêts peuvent être prolongés sur plusieurs semaines ou mois, selon l’évolution de l’état de santé. L’évaluation du médecin traitant (et parfois d’un psychiatre) conditionne la suite du traitement. Certaines dépressions peuvent être reconnues en ALD.
prolongation arrêt maladie longue durée : pour une ALD, les IJSS peuvent être versées jusqu’à 3 ans, sans limite de prolongations, sous réserve d’un suivi médical régulier et de l’application des règles propres à la prise en charge longue durée ;
prolongation après accident du travail ou maladie professionnelle (AT/MP) : le salarié perçoit des IJSS majorées et une indemnisation spécifique. La prolongation doit être effectuée par un médecin en lien avec l’accident ou la maladie professionnelle.
💡 Bon à savoir : une prolongation liée à un AT/MP peut influer sur l’inaptitude, la reprise du travail ou le niveau d’accompagnement prévu lors du retour en poste.
Un arrêt prolongé peut nécessiter :
l’organisation d’un remplacement temporaire ;
une réévaluation de la charge de travail ;
un suivi de la paie (IJSS, complément employeur, subrogation) et une modification du bulletin de salaire en arrêt maladie;
une anticipation de la visite de reprise pour un arrêt > 30 jours.
Réception du volet employeur : vérifier la continuité des dates
Mise à jour de paie : ajuster les IJSS, complément de salaire et subrogation
Remplacement : anticiper si l'arrêt est supérieur à 30 jours
Visite de reprise : obligatoire si l'absence est supérieure à 30 jours ou concerne un AT/MP
Suivi administratif : conserver tous les justificatifs en cas de contrôle URSSAF
Guide des congés et absences
Un arrêt maladie peut être prolongé plusieurs mois si l’état de santé le nécessite, sur décision du médecin traitant ou d’un spécialiste. Les IJSS sont toutefois limitées à 360 jours sur une période de 3 ans, sauf en cas d’ALD permettant une prise en charge jusqu’à 3 ans. Des contrôles médicaux peuvent vérifier la justification des prolongations.
Un arrêt maladie peut être prolongé par le médecin initial, par le médecin traitant ou par un spécialiste du parcours de soins. Ils vérifient la justification médicale et l’évolution de votre état de santé avant d’autoriser la prolongation conformément aux règles applicables en vigueur dans le cadre de la sécurité.
Oui, mais pas simultanément. Un arrêt maladie interrompt les congés payés : les jours non pris sont reportés. Si le salarié tombe malade avant le départ, les congés sont reprogrammés ; s’il tombe malade pendant, les congés sont suspendus.
Un calculateur d’IJSS estime le montant des indemnités journalières en fonction du salaire brut, de la durée de l’arrêt, du statut (salarié, intérimaire, etc.) et des règles de la Sécurité sociale. Il applique notamment le calcul basé sur les salaires des trois derniers mois.
Oui. Une prolongation d’arrêt maladie peut être refusée si le médecin-conseil estime qu’elle n’est pas médicalement justifiée. Dans ce cas, la CPAM peut suspendre le versement des indemnités journalières. Le salarié peut néanmoins demander des explications, fournir des justificatifs médicaux supplémentaires ou engager un recours.
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