A retenir :
Le maintien de salaire s'applique après un an d'ancienneté dans l'entreprise ;
La Sécurité sociale applique un délai de carence de 3 jours, l'employeur un délai de 7 jours (maintien à partir du 8e jour) ;
Le taux de maintien est de 90 % du salaire brut, puis de 66,66 %, sur des durées qui augmentent avec l'ancienneté ;
Le régime de prévoyance de branche couvre décès, incapacité et invalidité dès le premier jour d'embauche, sans condition d'ancienneté ;
L'employeur peut organiser une contre-visite médicale pour vérifier le bien-fondé de l'arrêt.
Quelle est la durée du maintien de salaire selon l'ancienneté dans la convention collective répartition pharmaceutique ?
La durée du maintien de salaire augmente par paliers de 5 ans d'ancienneté, conformément à l'article D.1226-2 du Code du travail. Chaque palier ouvre droit à une période à 90 % du salaire brut, suivie d'une période égale à 66,66 %.
| Ancienneté |
Durée à 90 % |
Durée à 66,66 % |
| 1 à 5 ans |
30 jours |
30 jours |
| 6 à 10 ans |
40 jours |
40 jours |
| 11 à 15 ans |
50 jours |
50 jours |
| 16 à 20 ans |
60 jours |
60 jours |
| 21 à 25 ans |
70 jours |
70 jours |
| 26 à 30 ans |
80 jours |
80 jours |
| 31 ans et plus |
90 jours |
90 jours |
👉 À noter : ces durées s'apprécient sur une période de 12 mois glissants. Les jours déjà indemnisés au cours des 12 derniers mois sont déduits du crédit disponible.
Quelles sont les conditions pour bénéficier du maintien de salaire en arrêt maladie ?
Le maintien de salaire en arrêt maladie s'applique au salarié qui justifie d'au moins un an d'ancienneté dans l'entreprise, conformément aux articles L.1226-1 et D.1226-1 du Code du travail. L'arrêt de travail doit être prescrit par un médecin et pris en charge par la Sécurité sociale.
Le salarié doit signaler son absence à l'employeur dans un délai de 3 jours, sauf cas de force majeure, puis transmettre son certificat médical dans un délai de 7 jours suivant le début de l'absence. Cette double obligation vaut pour l'arrêt initial comme pour toute prolongation.
💡 Bon à savoir : le régime de prévoyance de branche, issu de l'accord du 12 janvier 2016, couvre tous les salariés dès le premier jour d'embauche, sans condition d'ancienneté. Il garantit des prestations en cas de décès, d'incapacité et d'invalidité, distinctes du maintien de salaire employeur.
Quel est le délai de carence applicable en arrêt maladie ?
Le délai de carence désigne la période initiale de l'arrêt pendant laquelle aucune indemnité n'est versée. La Sécurité sociale applique un délai de carence de 3 jours pour la maladie non professionnelle : les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) ne sont versées qu'à compter du 4e jour d'arrêt.
Le maintien de salaire employeur débute à partir du 8e jour d'absence, conformément à l'article D.1226-3 du Code du travail, soit 7 jours de carence employeur. Pendant les 7 premiers jours, le salarié perçoit uniquement les IJSS à compter du 4e jour.
En cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle, ce délai de carence ne s'applique pas. Les IJSS sont versées dès le premier jour d'arrêt et le maintien de salaire employeur s'applique également dès le premier jour.
Les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) sont versées par la caisse primaire d'assurance maladie (CPAM) à compter du 4e jour d'arrêt, après le délai de carence de 3 jours. Leur montant correspond à 50 % du salaire journalier de base, calculé sur la moyenne des trois derniers mois de salaire brut précédant l'arrêt.
Ce salaire de base est plafonné à 1,4 fois le SMIC mensuel, soit 2 613,82 € au 1er juillet 2026. L'indemnité journalière maximale versée par la CPAM s'élève ainsi à 42,97 € par jour pour les arrêts débutant à compter de cette date.
Les IJSS sont soumises à la CSG (6,2 %) et à la CRDS (0,5 %), ce qui réduit le montant net perçu par le salarié. Le calcul peut être effectué à partir du salaire de référence, selon les règles applicables au calcul de salaire dans la convention collective.
La subrogation permet à l'employeur de percevoir directement les IJSS de la CPAM lorsque le salaire maintenu est au moins égal à leur montant. Le salarié reçoit alors l'intégralité de sa rémunération maintenue, sans décalage de trésorerie.
Ce mécanisme simplifie la gestion de la paie et garantit une continuité de revenus au salarié. La subrogation n'est pas une obligation conventionnelle : c'est une faculté laissée à l'employeur.
Quelles sont les obligations du salarié et de l'employeur pendant l'arrêt maladie ?
Quelles obligations pour le salarié en arrêt maladie ?
Le salarié en arrêt maladie doit respecter plusieurs obligations pour continuer à percevoir son complément de salaire. Ces règles, fixées par la convention collective et le Code du travail, conditionnent le versement des indemnités par l'employeur :
signaler son absence à l'employeur dans un délai de 3 jours, sauf cas de force majeure ;
transmettre le certificat médical (volet employeur) dans un délai de 7 jours suivant le début de l'absence ;
respecter les heures de sortie autorisées indiquées sur l'arrêt de travail, généralement en dehors de 9 h à 11 h et de 14 h à 16 h ;
se soumettre à une éventuelle contre-visite médicale organisée par l'employeur.
Par exemple, un salarié qui prolonge son arrêt initial doit transmettre un nouveau certificat de prolongation dans les mêmes délais que pour l'arrêt initial. Un salarié absent de son domicile pendant les heures de sortie non autorisées, sans justification médicale, s'expose à une suspension du complément de salaire à la suite d'une contre-visite.
Le respect de ces délais protège à la fois la continuité du contrat de travail et le versement des indemnités.
Quelles obligations pour l'employeur en arrêt maladie ?
L'employeur doit remplir plusieurs formalités pour permettre l'indemnisation du salarié et respecter ses engagements conventionnels. Ces obligations concernent à la fois la déclaration à la Sécurité sociale et le versement du complément de salaire :
établir l'attestation de salaire destinée à la CPAM pour permettre le calcul et le versement des IJSS ;
verser le complément de salaire légal dans les délais prévus, en tenant compte des IJSS déjà perçues par le salarié ;
maintenir les garanties de prévoyance pendant toute la durée de l'arrêt, conformément à l'accord de branche du 12 janvier 2016 ;
pratiquer la subrogation si le salaire maintenu est au moins égal aux IJSS, pour simplifier la gestion de la paie.
Par exemple, un employeur qui ne transmet pas l'attestation de salaire à temps retarde le versement des IJSS et, par ricochet, le calcul du complément employeur. À l'inverse, un employeur qui pratique la subrogation évite au salarié tout décalage de trésorerie pendant son arrêt.
Ces obligations s'appliquent quelle que soit la taille de l'entreprise, dès qu'un salarié remplit les conditions d'ancienneté requises.
L'employeur peut-il faire contrôler un arrêt maladie par contre-visite médicale ?
L'employeur peut organiser une contre-visite médicale pour vérifier le bien-fondé de l'arrêt de travail. Cette visite est réalisée par un médecin mandaté par l'employeur, au domicile du salarié ou au cabinet du médecin contrôleur.
Si le salarié refuse de se soumettre à cette contre-visite ou si le médecin contrôleur conclut que l'arrêt n'est pas justifié, l'employeur peut suspendre le versement du complément de salaire. Cette mesure ne remet pas en cause les IJSS versées par la Sécurité sociale.
Quel est l'impact de l'arrêt maladie sur le contrat de travail et la prévoyance ?
Pendant un arrêt maladie, le contrat de travail est suspendu mais non rompu. Le salarié conserve son ancienneté et reste inscrit aux effectifs de l'entreprise.
Conformément à l'accord du 12 janvier 2016 relatif à la prévoyance de branche, les garanties décès, incapacité et invalidité sont maintenues pendant toute la durée de l'arrêt, tant que le salarié perçoit des IJSS ou un maintien de salaire. La prime d'ancienneté, caractéristique de cette convention collective (de 3 % après 3 ans à 15 % après 15 ans), continue de s'appliquer sur le salaire de référence servant au calcul du maintien.
L'arrêt maladie ne peut pas constituer en soi un motif de licenciement, sauf en cas de perturbation grave du fonctionnement de l'entreprise nécessitant un remplacement définitif.
Information à caractère informatif, sans conseil juridique. Dernière vérification le 2026-08-26.
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