Comment fonctionne l'indemnisation en cas d'arrêt maladie ?

Un salarié peut être victime d'un accident ou être atteint d'une maladie. Si cette circonstance le rend incapable de remplir ses fonctions, il sera placé en arrêt maladie par un médecin. Pendant cet arrêt, aucune rémunération n'est perçue. Pour compenser cette perte de salaire, le Code de la sécurité sociale prévoit le versement au salarié d'une indemnisation d'arrêt maladie.

En quoi consiste cette indemnisation d'arrêt maladie ? Qui peut en bénéficier ? Comment calculer son montant ? Êtes vous responsable de son versement ? Devez-vous compléter le montant de cette indemnité ? PayFit vous explique.

Qu'est-ce qu'une indemnité journalière ?

Le salarié ne perçoit pas de salaire en arrêt maladie. En effet, son contrat de travail est suspendu. Toutefois, pour subvenir à ses besoins, il peut bénéficier du versement de ce qu’on appelle une indemnité journalière de sécurité sociale ou IJSS. La Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM) verse en principe ces IJSS directement aux salariés concernés. 

⚖️ Important : depuis le 1^er avril 2025, un nouveau plafond s'applique aux indemnités journalières d'arrêt maladie. Celles-ci sont désormais limitées à 1, 4 fois le Smic (contre 1, 8 fois auparavant). Cette évolution réglementaire impacte directement le montant des indemnités versées aux salariés en arrêt de travail.

Par ailleurs, l’indemnisation de l’arrêt maladie n’est pas automatique. La caisse devra recevoir le certificat médical du salarié justifiant son état d’arrêt. Par ailleurs, l’employeur doit fournir une attestation de salaire à la CPAM pour le calcul de l’indemnité.

💡 Bon à savoir : certains revenus et aides sociales ne peuvent pas être cumulés avec l’indemnisation de l’arrêt maladie. Le chômage non indemnisé est par exemple compatible avec les IJSS, mais seulement pendant l’année suivant la rupture du contrat de travail. Des règles spécifiques s'appliquent en matière de chômage et d'arrêt maladie.

Qui peut bénéficier de l'indemnisation d'arrêt maladie ?

Outre les formalités, le salarié qui prétend aux IJSS doit remplir des conditions d’attribution, qui varient en fonction de la durée de l’arrêt de travail. Ces conditions d’heures travaillées et de cotisations sont alternatives.

La Sécurité sociale peut décider de continuer à verser la totalité ou une partie des indemnités journalières lorsque le salarié reprend son poste en travail léger pour raison médicale.

Hypothèse 1 : Indemnités versées directement par la CPAM 

Le salarié percevra de la part de la CPAM, les indemnités journalières auxquelles il a droit. Dans son bulletin de salaire, le complément de salaire pendant un arrêt maladie versé par l’employeur s’ajoute au salaire brut.

Hypothèse 2 : Indemnités versées par l'employeur (subrogation)

Dans le cas du maintien de salaire avec subrogation, l'employeur avance au salarié le montant des IJSS sur le bulletin de paie et perçoit ensuite le montant de ces IJSS directement de la part de la CPAM, à la place du salarié. Pour calculer le montant des IJSS à avancer, vous pouvez utiliser notre méthode de calcul d'IJSS.

⚠️ Attention  : la subrogation est un mécanisme facultatif. Le choix de l’appliquer ou non revient à l’employeur. Il doit envoyer des attestations de salaires à la CPAM pour justifier des versements effectués et s’assurer du remboursement de l’arrêt maladie. 

La subrogation sous certaines conditions peut s'appliquer de plein droit, c'est-à-dire sans l'accord du salarié. Deux conditions doivent  être remplies :

• l’employeur a une obligation de maintien du salaire intégral ou partiel ;

• le montant du salaire maintenu est au moins égal à celui des IJSS.

À défaut, la subrogation nécessite l'accord exprès du salarié.

💡 Bon à savoir : il existe des logiciels de paie qui permettent de paramétrer la subrogation et simplifier le traitement social de l’indemnisation de l’arrêt maladie sur le bulletin de paie.