Comment fonctionne le congé pathologique de grossesse ?

Lors de sa grossesse, une salariée enceinte peut rencontrer des complications médicales. Pour éviter les risques, la loi prévoit qu’un médecin prescrive un congé pathologique. 

Ce temps de repos permet d’augmenter la durée du congé maternité et ainsi protéger la santé de la mère et de son enfant. Il peut être accordé avant ou après l’accouchement. 

Quelles sont les particularités du congé pathologique ? Quand intervient-il ? Comment est-il indemnisé ? Quelles sont les obligations spécifiques pour l’employeur ? PayFit vous explique.

Qu’est-ce qu’un congé pathologique ?

Rappel du congé maternité

Lorsqu’une salariée est enceinte, elle a droit à un congé maternité. Celui-ci prévoit des périodes de repos pour la travailleuse avant (congé prénatal) et après (congé postnatal) la naissance de son enfant. 

La durée du congé maternité est fixée par le Code du travail. Elle varie selon deux critères :

• le nombre d’enfants attendus ;

• le nombre d’enfants déjà à charge.

📌 Exemple  : pour un premier enfant, le congé maternité dure 16 semaines, réparties avec 6 semaines avant l’accouchement puis 10 semaines après.

💡 Bon à savoir  : ces durées légales de congé maternité correspondent à des minimums. Elles peuvent être étendues par une convention collective ou un accord d’entreprise.

Congé pathologique de grossesse

Certaines femmes enceintes peuvent vivre une grossesse à risque avec des complications médicales susceptibles de mettre en péril la santé de la mère et du nouveau-né. On parle alors de grossesse pathologique. Les causes peuvent être multiples : risques de fausse-couche, fatigue, accouchement prématuré, dépression post-partum, etc. 

Dans ces situations, la salariée peut bénéficier d’un repos supplémentaire en plus de l’arrêt légal pour la maternité : il s’agit du congé pathologique de grossesse. Celui-ci est prescrit par le médecin traitant (le gynécologue ou la sage-femme) lorsqu’un état pathologique lié à la grossesse est constaté chez la patiente. 

Établi par un certificat médical, ce congé prolonge alors la période d’inactivité prévue par le congé maternité.

💡 Bon à savoir : ce repos spécifique est identifiable sur l’arrêt de travail de la salariée grâce à la mention “en rapport avec un état pathologique résultant de la grossesse”.

⚠️ Attention  : le congé pathologique ne peut être accordé que pour une affection directement liée à la grossesse ou l’accouchement. Pour tout autre type de maladie, l’arrêt maladie classique s’applique.

Quelle est la durée du congé pathologique de grossesse ?

Le congé pathologique allonge la durée du congé maternité, dans une limite de :

• 2 semaines avant la date de l’accouchement (pour le congé pathologique prénatal) ;

• 4 semaines après la naissance (pour le congé pathologique postnatal). 

⚠️ Attention  : le congé pathologique prénatal ne peut pas être reporté sur la période postnatale. Il peut être pris en intégralité ou de manière fractionnée sans excéder 14 jours. 

Comme pour le congé maladie, la salariée en congé pathologique doit à priori rester à domicile.

Pour le calcul des dates du congé pathologique postnatal, le premier jour du décompte est celui de la naissance du nouveau-né. Ce congé est souvent appelé “suite de couches pathologiques”. 

💡 Bon à savoir : certaines conventions collectives peuvent prévoir des jours de congé supplémentaires pour la maternité. Dans ce cas, le congé pathologique postnatal se prend après le congé de maternité légal et avant les jours supplémentaires prévus par la convention ou l’accord.

Comment est indemnisé le congé maternité pathologique ?

Durant un congé pathologique de grossesse, la rémunération n’est pas maintenue à 100 %, sauf si la convention collective ou un accord d’entreprise le prévoit. 

Comme pour l’arrêt maladie, les salariées perçoivent des Indemnités Journalières de la Sécurité Sociale (IJSS).

Cependant, l’indemnisation varie selon la nature du congé :

• le congé pathologique prénatal est traité comme un prolongement du congé maternité ;

• alors que le congé postnatal est assimilé à un arrêt maladie ordinaire et dédommagé comme tel. 

Congé pathologique prénatal

Durant le congé pathologique prénatal, la salariée a droit à des indemnités journalières au même titre que pendant son congé maternité légal. 

Pour ce faire, elle doit remplir les mêmes conditions d’attributions prévues pour le congé maternité :

• être affiliée à la Sécurité sociale depuis au moins 10 mois à la date d’accouchement ;

• avoir travaillé au minimum 150 heures au cours des 3 mois civils (ou 90 jours) précédant l’arrêt OU avoir travaillé au moins 600 heures lors des 12 derniers mois OU avoir perçu une rémunération au moins égale à 1 015 fois le montant du SMIC horaire lors des 6 mois civils précédant l’arrêt ;

• cesser son activité professionnelle pendant au moins 8 semaines (dont 6 après l’accouchement).

Cette indemnisation permet aux salariées de toucher un pourcentage de leur rémunération habituelle. Il existe des simulateurs pour estimer le montant. 

💡 Bon à savoir  : le calcul des indemnités prend en compte les 3 derniers salaires bruts avant la date d’arrêt de travail, divisés par un coefficient de 91,25. À cela, la Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM) retire un taux forfaitaire de charges salariales de 21 %. 

En principe, il n’y a aucun délai de carence si l’arrêt mentionne un  ”état pathologique résultant de la grossesse”. Autrement, l’indemnisation applique la règle des jours de carence en arrêt maladie à partir du 4ᵉ jour.

⚠️ Attention  : si l’état pathologique se prolonge au-delà des 2 semaines prévues par le congé, le surplus est considéré comme un arrêt maladie non professionnel. Dans ce cas, le délai de carence de 3 jours relatifs aux arrêts maladie s’applique alors aux indemnités. 

Congé pathologique postnatal

Le congé pathologique postnatal ouvre les mêmes droits que le congé maternité (par exemple, les salariées bénéficient de la même protection contre le licenciement). 

Il n’en est pas moins soumis au régime d’indemnisation de l’arrêt maladie. 

Si les salariées enceintes remplissent les conditions d’attribution, elles peuvent percevoir une indemnité correspondant à 50 % de leur rémunération habituelle. Celle-ci est calculée sur la base des trois derniers salaires précédant le congé pathologique. 

L’indemnité peut être complétée par l’employeur si la convention collective applicable ou un accord d’entreprise prévoient un complément salarial.

💡 Bon à savoir : comme pour le versement du salaire en arrêt maladie, l’employeur peut se subroger aux droits de la salariée pour recevoir les IJSS à sa place. 

Quelles formalités pour l’employeur en cas de congé pathologique ?

Dès réception de l’arrêt de travail de sa salariée pour congé pathologique (ou maternité), l’employeur doit établir une attestation de salaire. Il doit ensuite faire parvenir le document à la caisse primaire d’assurance maladie pour permettre le calcul des droits aux indemnités journalières.

Pour un congé pathologique prénatal, l’attestation de salaire doit être réalisée au titre de la maternité en précisant le nombre exact de jours couverts. 

⚠️ Attention  : si l’arrêt de travail est supérieur à 14 jours, l’employeur doit émettre deux attestations distinctes : une pour maternité et l’autre pour maladie avec le surplus de jours.

📌 Exemple  : une salariée doit bénéficier d’un congé maternité à partir du 1ᵉʳ octobre 2025. Sa direction reçoit un arrêt de travail prescrit en rapport avec son état pathologique de grossesse du 1ᵉʳ au 30 septembre 2025.

L’établissement du document devra être le suivant :

• 1ᵉʳ au 14 septembre 2025 : attestation de salaire “ maternité” (pour le congé pathologique prénatal légal) ;

• 15 au 30 septembre 2025 : attestation de salaire “ maternité” (dépassement > 14 jours) ;

• à partir du 1ᵉʳ octobre 2025 : attestation de salaire “ maternité”.

Pour un congé pathologique postnatal (après l’accouchement), l’employeur doit établir une attestation de salaire au titre de l’arrêt maladie.

💡 Bon à savoir  : un logiciel RH peut vous aider à automatiser ces formalités et faciliter la transmission de l’ensemble des congés et absences de vos collaborateurs.