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IJSS, complément employeur, délais et subrogation : l’essentiel pour sécuriser la paie en cas d’arrêt maladie dans les cabinets médicaux. Références : CCN Cabinets médicaux (IDCC 1147).
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Le salarié bénéficie d'un maintien à 100 % de son salaire net, assuré par le régime de prévoyance de branche qui complète les IJSS de la Sécurité sociale ;
L'ancienneté requise est d'1 an pour les non-cadres, sans aucune condition pour les cadres ;
La franchise est de 3 jours calendaires en maladie ou accident de droit commun, et inexistante en accident du travail ou maladie professionnelle (indemnisation dès le 1er jour) ;
L'indemnisation court tant que la Sécurité sociale verse des IJSS, dans la limite de 1 095 jours (environ 3 ans) ;
La subrogation permet à l'employeur d'encaisser les IJSS et de verser directement le net maintenu ;
Les prestations en cours ont été revalorisées de +1,6 % au 1er janvier 2025 (avenant n°92).
L'arrêt maladie suspend temporairement le contrat de travail sur justification médicale. La convention collective des cabinets médicaux (IDCC 1147) prévoit un régime particulièrement protecteur : le salarié bénéficie d'un maintien à 100 % de sa rémunération nette, assuré par l'organisme de prévoyance de branche (articles 43 et 44 de la CCN, annexe I). Ce complément s'ajoute aux IJSS versées par la Sécurité sociale, dans la limite du salaire net d'activité.
Le maintien de salaire en cas d'arrêt maladie bénéficie aux salariés justifiant des conditions d'ouverture prévues par la convention et le régime de prévoyance. L'ancienneté demandée varie selon le statut : un an de présence pour les non-cadres, aucune condition pour les cadres (y compris les cadres dits « article 4 bis »).
Trois conditions cumulatives ouvrent ainsi le droit à l'indemnisation conventionnelle :
justifier d'une ancienneté d'un an pour les non-cadres, sans condition pour les cadres ;
transmettre l'arrêt de travail à l'employeur dans les 48 heures ;
relever du régime général de la Sécurité sociale et percevoir les IJSS.
👉 À noter : un salarié qui ne remplit pas les conditions d'ouverture de droits aux IJSS, faute d'une durée d'activité suffisante, reste indemnisé par le régime de prévoyance après contrôle médical. L'organisme reconstitue alors le montant des IJSS qu'il aurait perçues et le déduit de sa prestation.
Le salarié doit justifier de son incapacité dans les 48 heures (obligation conventionnelle, article 43 de la CCN). L'employeur émet la DSN Événement et, en cas de subrogation, perçoit les IJSS à la place du salarié.
Rechute : en cas de nouvel arrêt lié à la même affection survenant moins de 60 jours après la reprise d'activité, aucune nouvelle franchise ne s'applique (Annexe I, art. 7-1-2). La subrogation facilite un maintien net lisible ; pensez à rapprocher les montants estimés des bordereaux IJSS pour éviter écarts et trop-perçus.
L'organisme de prévoyance de branche verse un complément qui, ajouté aux IJSS brutes (avant CSG/CRDS), garantit 100 % du salaire net de référence. L'organisme déduit de sa prestation les IJSS brutes ainsi que toute rémunération maintenue par l'employeur. Le cumul de toutes les sommes perçues ne peut jamais dépasser le salaire net d'activité.
| Motif de l’arrêt | Franchise | Indemnisation | Durée maximale |
|---|---|---|---|
| Maladie / Accident droit commun / Accident de trajet | 3 jours calendaires | 100 % du salaire net | 1 095 jours |
| Accident du travail / Maladie professionnelle | Aucune (Dès J1) | 100 % du salaire net | 1 095 jours |
Base de calcul des prestations (Annexe I, art. 6) : salaire fixe des 3 derniers mois pleins × 4, majoré des rémunérations variables des 12 mois précédant l'arrêt, dans la limite de 3 fois le plafond annuel de la Sécurité sociale.
L'arrêt maladie suspend le contrat de travail, ce qui influe sur l'acquisition des congés payés, les primes et les avantages collectifs. L'acquisition des congés payés varie selon le motif de l'arrêt et la période concernée, la jurisprudence récente ayant étendu les droits des salariés en arrêt pour maladie non professionnelle.
Les primes suivent leur propre logique selon leur nature :
les primes variables liées à la performance ne sont pas automatiquement maintenues pendant l'arrêt ;
les primes mensuelles usuelles peuvent être proratisées selon les textes internes et les usages de l'entreprise ;
les éléments de rémunération variable des 12 derniers mois entrent dans la base de calcul des prestations de prévoyance.
Les avantages collectifs comme les titres-restaurant, la complémentaire santé et la prévoyance restent régis par les conditions d'éligibilité propres à chaque contrat. Leur maintien ou leur suspension dépend des clauses applicables pendant la suspension du contrat.
À temps partiel, les prestations sont calculées sur le salaire réellement perçu au titre du cabinet (Annexe I, art. 6). Les IJSS et le complément de prévoyance s'apprécient donc sur cette assiette proratisée, ce qui réduit proportionnellement les montants par rapport à un temps plein.
Au forfait en jours, le salaire journalier de référence sert d'assiette de calcul des prestations. Pour les alternants, les IJSS suivent les mêmes règles d'ouverture de droits, tandis que le complément dépend des textes applicables et des clauses contractuelles propres au contrat d'alternance.
Au-delà du 1 095e jour d'arrêt, ou en cas d'attribution d'une pension d'invalidité par la SS, la garantie incapacité temporaire cesse. La convention organise alors un relais via la garantie invalidité prévue par le régime de prévoyance (Annexe I, art. 7-2).
Le montant de la rente d'invalidité dépend de la catégorie reconnue par la Sécurité sociale :
| Situation du salarié | Niveau de la rente |
|---|---|
| Invalidité 2e ou 3e catégorie, ou taux d’incapacité AT/MP ≥ 66 % | 100 % du salaire net de référence, déduction faite des prestations de la Sécurité sociale |
| Invalidité 1re catégorie, ou taux d’incapacité AT/MP entre 50 % et 66 % | 50 % de la rente ci-dessus |
⚠️ Attention : l'accident de trajet n'est pas assimilé à un accident du travail pour la franchise. Il relève du droit commun et déclenche donc la franchise de 3 jours calendaires, contrairement à un arrêt indemnisé au titre des IJSS après accident du travail qui démarre dès le premier jour.
Les prestations en cours de service ont été revalorisées de +1,6 % au 1er janvier 2025 par l'avenant n°92 du 7 novembre 2024. Cette revalorisation suit l'indice fixé par les partenaires sociaux de la branche pour préserver le pouvoir d'achat des bénéficiaires.
Un suivi dossier‑par‑dossier des IJSS (tableau de rapprochement) fiabilise les nets versés et limite les régularisations ultérieures.
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Dernière vérification le 20/05/2026.
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Il est versé par l'organisme de prévoyance de branche sous conditions : 1 an d'ancienneté pour les non-cadres (aucune condition pour les cadres), justification dans les 48 h, et prise en charge par la SS. Le cumul IJSS + complément garantit 100 % du net sans le dépasser.
Le bulletin de paie distingue le salaire maintenu, les IJSS et le complément de prévoyance sur des lignes dédiées. En cas de subrogation, l'employeur reconstitue les IJSS brutes pour les déduire du net, puis affiche le complément qui ramène la rémunération à 100 % du net.
Cette présentation garantit la lisibilité du net versé et facilite les contrôles. Les règles d'affichage propres au bulletin de paie et à l'arrêt maladie précisent l'ordre et la nature de chaque ligne.
Oui, la subrogation reste un mécanisme facultatif que l'employeur choisit ou non d'appliquer. Lorsqu'il y renonce, la CPAM verse les IJSS directement au salarié, et l'employeur ne complète que la part nécessaire au maintien du net. Ce choix dépend souvent de la trésorerie et des outils de paie disponibles dans le cabinet. La gestion de l'indemnisation de l'arrêt maladie varie donc selon que la subrogation est activée ou non.
Un nouvel arrêt lié à la même affection survenant moins de 60 jours après la reprise d'activité n'entraîne aucune nouvelle franchise. Le salarié retrouve immédiatement son indemnisation à 100 % du net, sans attendre les 3 jours calendaires habituels. Au-delà de ce délai de 60 jours, ou pour une affection différente, la franchise de droit commun s'applique de nouveau. Cette règle évite de pénaliser les salariés dont l'état de santé reste fragile après une première interruption.
Non, un arrêt maladie ne peut jamais justifier à lui seul un licenciement, l'état de santé étant un motif discriminatoire interdit par le Code du travail. L'employeur conserve toutefois la possibilité de licencier en cas de désorganisation durable du cabinet rendant nécessaire un remplacement définitif, dans des conditions strictement encadrées. La procédure suppose alors de démontrer une perturbation réelle de l'activité. Tant que l'arrêt se poursuit, le contrat reste suspendu et le salarié bénéficie d'une protection contre la rupture liée à son absence.
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