Que faut-il savoir sur le contrôle fiscal des entreprises ?

Chaque année, de nombreuses sociétés sont confrontées à une procédure particulièrement redoutée : le contrôle fiscal. 

Cette mesure de l’administration fiscale vise à vérifier la régularité des comptes d’une structure, quel que soit son statut juridique ou sa taille. Pour cela, des agents de l’administration fiscale examinent scrupuleusement sa comptabilité et ses déclarations fiscales afin d’identifier les erreurs et les fraudes avérées.

En quoi consiste un contrôle fiscal des entreprises ? Comment se déroule-t-il ? Et pour quelles raisons une entreprise peut-elle être contrôlée ? PayFit fait le point.

Qu’est-ce qu’un contrôle fiscal des entreprises ?

Définition du contrôle fiscal

En France, toute entreprise a l’obligation de déposer régulièrement ses déclarations fiscales à l’administration.

Cela inclut notamment :

• la TVA ;

• l’Impôt sur le Revenu (IR) ;

• l’Impôt sur les Sociétés (IS) ;

• les taxes professionnelles ;

• les taxes foncières comme la CFE ;

• la CVAE, etc.

La Direction Générale des Finances Publiques (DGFIP) vérifie la cohérence des informations transmises et leur conformité. En cas de doute, elle peut déclencher un contrôle fiscal. 

Cette mesure peut mettre en évidence les anomalies et les manquements commis de bonne foi ou délibérément ainsi que les fraudes caractérisées.

💡 Bon à savoir : le contrôle fiscal est un outil qui assure le principe d’égalité devant l’impôt entre les entreprises. Il permet aussi de lutter contre l’évasion fiscale. 

Les principaux types de contrôles fiscaux

Il existe différentes formes de contrôles fiscaux, réalisés (ou non) au sein de l’entreprise. 

Le contrôle sur pièces du dossier fiscal (ou contrôle fiscal interne) est une vérification de routine, effectuée à distance, par les agents de l'État. Ces derniers analysent le dossier fiscal de l’entreprise, sans l’en informer. 

La vérification de comptabilité (ou contrôle fiscal externe) intervient lorsque le contrôle sur pièces a besoin d’être approfondi. Les inspecteurs se rendent sur place, dans les locaux mêmes de la société, pour examiner ses éléments comptables et ses outils informatiques pour la comptabilité. L’entreprise est avertie par lettre recommandée, 48 heures avant son début.

L’examen de comptabilité : plus souple que les précédentes, cette procédure permet aux services de l’administration de vérifier la conformité de la comptabilité à distance. Pour cela, l’entreprise est prévenue et doit transmettre ses fichiers d’écritures comptables sous forme dématérialisée sous un délai de 15 jours.

Comment se déroule un contrôle fiscal en entreprise ?

La procédure de contrôle fiscal se déroule en plusieurs étapes.

1 - Réception de l’avis de vérification fiscale

L’entreprise est notifiée d'un avis de vérification envoyé par lettre recommandée avec accusé de réception par l’administration. Ce courrier doit lui parvenir au moins deux jours ouvrés avant la date du contrôle sur place. 

2 - Préparation des documents et justificatifs fiscaux

Durant ce délai, le dirigeant et son expert-comptable sont censés rassembler tous les éléments et les pièces prouvant la sincérité de leurs déclarations.

Le vérificateur peut demander dans la liste des documents à fournir :

• les déclarations d’impôts ;

• les bilans, registres et livres comptables ;

• les relevés bancaires professionnels ;

• les factures, contrats, justificatifs de dépenses, notes de frais, etc.

3 - Audit des documents

Sur place ou à distance, l’inspecteur procède à une analyse détaillée des documents fiscaux et comptables afin de comparer les données transmises avec les pièces justificatives correspondantes.

4 - Clôture du contrôle et avis de résultat

Une fois l’audit terminé, le vérificateur fait part de ses conclusions au gérant de la société. Il transmet également un avis de résultat à l’administration qui récapitule les éventuelles irrégularités relevées. 

Dans ce dernier cas, l’entreprise reçoit une proposition de rectification : elle peut être sanctionnée par un redressement fiscal avec le paiement de pénalités ou d’impôts supplémentaires.

Quel est le délai de prescription pour le contrôle fiscal des entreprises ?

Le délai de prescription correspond à la période maximale pendant laquelle la DGFIP peut vérifier les déclarations fiscales d’une entreprise. On parle alors du droit de reprise de l’administration. Celui-ci peut varier selon la situation et l’objectif du contrôle. 

Le délai de prescription est de 3 ans pour :

• l’impôt sur le revenu  ;

• l’impôt sur les sociétés  ;

• la TVA, etc. 

Cela veut dire que les agents de l’administration fiscale ne peuvent pas contrôler les déclarations au-delà des trois derniers exercices comptables.

📌 Exemple : pour un impôt payé en 2025 et calculé sur les revenus de 2024, le fisc peut exercer son droit de reprise jusqu’au 31 décembre 2027, soit trois ans à compter de l’année concernée.

⚠️ Attention : une entreprise fermée peut également faire l’objet d’un contrôle jusqu’à trois ans après sa date de fermeture, y compris en cas de liquidation judiciaire.

Qu’est-ce qui déclenche un contrôle fiscal des entreprises ?

De nombreux entrepreneurs peuvent se demander pourquoi leur entreprise est contrôlée par le fisc. Dans la pratique, il existe plusieurs raisons qui peuvent conduire à une vérification fiscale. 

Indices déclencheurs d’un contrôle fiscal

Plusieurs signaux peuvent alerter les autorités fiscales et les pousser à se pencher sur la comptabilité d’une société. 

C’est le cas notamment : 

• des incohérences dans les éléments déclarés avec les informations en possession de l’administration ;

• d’éventuelles anomalies comptables ;

• un chiffre d’affaires non aligné avec les déclarations de TVA ;

• suite au contrôle fiscal d’un partenaire (clients, fournisseurs, prestataires, etc.) ;

• en cas de retard ou d’absence pour déclarer la TVA ou les impôts.

• des opérations commerciales à l’étranger ;

• un train de vie anormalement élevé par rapport aux revenus déclarés ;

• un écart significatif avec le chiffre d’affaires rapporté par les entreprises du même secteur, etc. 

Contrôle fiscal d’entreprise après dénonciation

L’administration peut déclencher une vérification fiscale dans le cas d’une dénonciation. Celle-ci peut provenir d’un tiers (un concurrent, un client insatisfait ou d’un membre du personnel estimant avoir subi une injustice, etc.).

Directives nationales ou locales

Afin de lutter contre la fraude, certaines directives issues du ministère des Finances peuvent cibler certains secteurs d’activité “à risque ” (BTP, restauration, etc.).

La mise en œuvre de bonnes pratiques peut permettre d’éviter le contrôle fiscal comme :

• respecter les délais déclaratifs pour le paiement des taxes et des impôts ;

• signaler rapidement toute erreur aux autorités fiscales ;

• être rigoureux sur les montants déclarés ;

• bien organiser sa gestion pour toutes les opérations financières et fiscales (exemple : bilan de comptabilité, saisie des registres, etc.).