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Un arrêt maladie ou un accident de travail entraîne la suspension du contrat de travail par décision du médecin. Même s’il ne travaille plus, le collaborateur peut bénéficier du maintien de sa rémunération sous certaines conditions. La Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM) et l’entreprise se chargent de compenser la perte de revenus du salarié.
Comment calculer le maintien de salaire au cours de l’arrêt maladie ? Quel calcul l’employeur effectue-t-il pour verser le complément de salaire ? Quel est le coût d’un salarié en arrêt maladie pour l’entreprise ? Comment faire apparaître ces calculs sur la fiche de paie ? PayFit vous explique.
Un travailleur en arrêt maladie perçoit, sous certaines conditions, un revenu de remplacement pour compenser la perte de sa rémunération. Les Indemnités Journalières de la Sécurité Sociale (IJSS), versées par l’Assurance Maladie, constituent la principale source de revenus.
En 2025, le versement des IJSS sur une fiche de paie est soumis à plusieurs conditions qui dépendent de la durée de l’arrêt maladie.
Si le collaborateur bénéficie d’un arrêt de travail inférieur à 6 mois, il doit satisfaire une des deux conditions suivantes :
avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 90 jours précédant l'arrêt ;
avoir cotisé sur un revenu au moins égal à 1 015 fois le SMIC horaire (12 058,20 € au 1er janvier 2025) sur les 6 mois précédents.
Si le congé est supérieur à 6 mois, le travailleur doit justifier son affiliation auprès de la CPAM depuis 12 mois avant le début de l’arrêt. Dans un deuxième temps, il est tenu de remplir une des deux obligations suivantes :
avoir travaillé au moins 600 heures au cours des 365 jours précédant l’arrêt ;
avoir cotisé sur un revenu au moins égal à 2 030 fois le SMIC horaire (24 116,40 € au 1er janvier 2025) sur les 12 mois précédents.
⚠️ Important : le Code de la Sécurité sociale impose au salarié un délai de 48 heures pour transmettre son arrêt maladie à l’employeur ou à la CPAM.
Les IJSS sont versées pour chaque jour calendaire de l’arrêt de travail, week-end et jours fériés compris. Si le congé est lié à une maladie ordinaire, la caisse d’Assurance maladie applique 3 jours de carence sur l’arrêt maladie.
📌 Exemple : si le travailleur commence son arrêt maladie le 12 février, il percevra ses indemnités journalières à partir du 15 février.
💡 Bon à savoir : les maladies ordinaires sont des affections courantes qui ne sont pas considérées comme graves. Il peut s’agir de maladies saisonnières, de troubles musculo-squelettiques, de douleurs aiguës ou de surmenage.
Le délai de carence ne s’applique pas si le collaborateur reprend son activité professionnelle en moins de 48 heures ou s’il est atteint d’une Affection de Longue Durée (ALD).
Le salaire au cours de l’arrêt maladie dépend du montant des IJSS qui, eux-mêmes, représentent la moitié du salaire journalier de base. Celui-ci est égal à la somme des 3 derniers salaires bruts divisée par 91,25.
💡 Bon à savoir : depuis avril 2025, le plafond du salaire de référence pour les indemnités journalières est fixé à 2 522,52 € par mois, soit 41,47 € brut d’IJSS par jour.
📌 Exemple : soit une rémunération moyenne de 2 300 € par mois au cours des 3 derniers mois précédant l’arrêt de travail. Le salaire journalier de base est égal à 75,61 € par jour (2300 x 3 / 91,25 = 75,61). Comme les IJSS correspondent à la moitié de ce montant, leur valeur est fixée à 37,80 € par jour.
👉 À noter : le simulateur et le calculateur d’IJSS d’un logiciel de paie mettent régulièrement à jour les plafonds de l’Assurance maladie pour automatiser les calculs.
Boîte à outils pour gérer les arrêts maladie
L’entreprise peut compléter les IJSS grâce à des indemnités complémentaires. Elles sont accordées au salarié après un délai de carence de 7 jours, à compter de la date du début de l’arrêt.
Certaines conventions collectives peuvent accorder des conditions plus favorables, comme pour l’arrêt maladie en convention collective HCR (Hôtels, Cafés, Restaurants).
⚠️ Attention : si l’accident de travail ou la maladie sont d’origine professionnelle, le délai de carence ne s’applique pas.
Le complément de salaire au cours de l’arrêt maladie est obligatoire si le salarié remplit les conditions suivantes :
justifier d'au moins une année d'ancienneté dans l'entreprise (calculée à partir du 1er jour d'absence) ;
avoir transmis le certificat médical dans les 48 heures à l'employeur ;
bénéficier des indemnités journalières versées par la Sécurité sociale ;
être soigné en France ou dans l'un des États membres de l'Espace économique européen ;
ne pas être travailleur à domicile ou salarié saisonnier, intermittent ou temporaire.
Le collaborateur en arrêt maladie perçoit un pourcentage de la rémunération brute qu’il aurait perçue s’il avait travaillé. Ce taux varie en fonction de la durée de l’arrêt de travail :
90 % pendant les 30 premiers jours de l’arrêt maladie ;
2/3 (soit 66,66 %) les 30 jours suivants.
La période d’indemnisation est augmentée de 10 jours par tranche de 5 ans d’ancienneté, sans toutefois dépasser 90 jours.
L’indemnité versée par l'employeur s’ajoute aux IJSS pour atteindre le niveau de maintien prévu par la loi. Son calcul dépend de l'ancienneté du salarié et de la durée de l'arrêt.
Le coût du salarié en arrêt maladie pour l’entreprise correspond à la différence entre le pourcentage du revenu brut et le montant des IJSS.
📌 Exemple : un travailleur avec 7 ans d’ancienneté perçoit un revenu brut mensuel de 3 000 €. Son médecin lui prescrit un arrêt de travail d’une durée de 50 jours. Grâce à son ancienneté, il bénéficie de 10 jours supplémentaires pour sa période d’indemnisation, soit 40 jours. Par conséquent :
les 40 premiers jours de son arrêt sont indemnisés à hauteur de 90 % du revenu brut, soit 2 700 €. Comme les IJSS couvrent 50 % du salaire brut (soit 1 500 €), le complément employeur est de 1 200 € par mois ;
pour les 10 derniers jours, le calcul de l’indemnité se base sur ⅔ du revenu brut, soit 2 000 €. Après avoir déduit le montant des IJSS, le complément n’est plus que de 500 €.
⚠️ Attention : des dispositions conventionnelles prévoient des conditions d’indemnisation plus favorables pour le salarié.
Modèle de bulletin de paie avec IJSS avec subrogation - Excel
Le calcul de l’absence en paie sur le bulletin de salaire correspond à une relation proportionnelle entre la retenue sur salaire et la durée de l’absence. La méthode de l’horaire réel consiste à diviser le revenu mensuel par le nombre d’heures réellement effectuées durant le mois considéré.
Même si le collaborateur est absent, la transmission de son bulletin de salaire au cours de son arrêt maladie reste obligatoire. La fiche contient les éléments suivants pour justifier le calcul de l’absence :
la déduction de salaire pour le nombre de jours d’absences ;
le montant des IJSS ;
le montant des indemnités complémentaires versées par l’entreprise.
Boîte à outils pour gérer les arrêts maladie
La subrogation par l’employeur consiste à verser au travailleur malade un montant équivalent aux indemnités journalières. Dans un second temps, l’entreprise demande le remboursement à la CPAM.
La subrogation en cas de maintien de salaire change le circuit de versement et la gestion comptable des indemnités journalières. Le complément employeur reste identique, mais les IJSS figurent sur la fiche de paie avec la mention “revenus de remplacement”. Ce système simplifie l’édition du bulletin de salaire.
Un demandeur d’emploi a le droit de bénéficier d’un arrêt maladie pendant son chômage. Les indemnités journalières de la Sécurité sociale remplacent son allocation chômage durant toute la durée de son arrêt. Les deux revenus ne sont pas cumulables.
Plusieurs conditions sont nécessaires pour être éligible à ce droit :
déposer son certificat médical à France Travail dans un délai de 72 heures et à la CPAM dans un délai de 48 heures ;
percevoir une allocation d’Aide de Retour à l’Emploi (ARE) ;
bénéficier de l’assurance chômage ou avoir cessé son activité professionnelle au cours des 12 derniers mois.
La durée maximale d’un arrêt maladie dépend de la nature de l’arrêt et du statut du salarié. Pour une maladie ordinaire, le calcul des indemnités journalières se base sur un délai de 360 jours, lui-même inclus sur une période de 3 ans.
⚠️ Attention : pour une ALD, le calcul se base sur une période de 3 ans consécutifs.
Au-delà de ces conditions, la Sécurité sociale peut interrompre le versement des IJSS. Cette situation se présente lorsque le contrôle du salarié en arrêt maladie émet des conclusions négatives (absence du travailleur en dehors de ses heures de sortie ou refus de se présenter).
Le simulateur de la Sécurité sociale, disponible sur le site Ameli, permet de calculer le niveau journalier de rémunération pendant l’arrêt de travail. À partir de la moyenne des revenus sur les 3 derniers mois, il prend en compte les indemnités journalières, le complément employeur et les prestations de prévoyance.
💡 Bon à savoir : le calcul est particulièrement utile pour évaluer l’incidence sur le revenu en cas de modification du contrat de travail pendant l’arrêt maladie.
👉 À noter : le simulateur PayFit vous offre une réponse rapide et automatisée en tenant compte de vos salaires bruts, de votre période d’arrêt et de vos droits d’indemnisation.
La reprise du travail pendant l’arrêt maladie entraîne une sanction disciplinaire, voire un licenciement pour faute grave. La CPAM peut réclamer le remboursement des indemnités journalières, tout comme l’employeur avec le complément de salaire.
Comme les indemnités journalières maintiennent le salaire, la loi du 22 avril 2024 autorise l'acquisition des congés payés pendant un arrêt maladie. Ces droits figurent sur la fiche de paie via une attestation de salaire maladie.
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