Comment comptabiliser les IJSS en cas de subrogation ?

Chaque année, la CPAM (caisse primaire d'assurance maladie), ou Ameli, consacre plusieurs milliards d’euros au versement d’IJSS (indemnités journalières de Sécurité sociale). Tout salarié cotisant à cette caisse peut en bénéficier en cas d’arrêt de travail, qu’il soit lié à une maladie professionnelle ou non.

Lorsque l’employeur pratique la subrogation pour maintenir le salaire, il avance ces indemnités sur le bulletin de paie, puis se fait rembourser directement par l'Assurance maladie. Ce mécanisme impose une comptabilisation spécifique avec écritures comptables précises, indispensables pour respecter le droit du travail et éviter les sanctions fiscales. Explications.

Pourquoi faut-il comptabiliser les IJSS en cas de subrogation ?

Pour assurer une gestion rigoureuse de la trésorerie et respecter l'ensemble de vos obligations légales, l’enregistrement comptable des IJSS représente une étape incontournable du processus de paie.

Le principe de la subrogation des IJSS

La subrogation des IJSS par l’employeur consiste à verser directement au salarié l’indemnité prévue, puis à se faire rembourser par la CPAM. 

Dans ce schéma, l’entreprise détient une créance sur cet organisme social et doit donc impérativement inscrire ces flux dans sa comptabilité.

Les IJSS apparaissent sur le bulletin de paie et sont versées au salarié pour leur montant net imposable, après déduction de la CSG/CRDS (Contribution Sociale Généralisée / Contribution au Remboursement de la Dette Sociale) par l’Assurance maladie. Comme le maintien de salaire représente une avance de trésorerie pour la société, une écriture comptable le concernant est indispensable afin de refléter correctement les charges et produits liés au contrat de travail.

⚠️ Attention : l’omission de cette écriture expose l’employeur à un redressement fiscal, voire à des sanctions pénales.

L'initiative et l'accord pour la subrogation

La subrogation est proposée par l’employeur, mais nécessite l’accord du salarié, puisqu’il lui cède le droit de percevoir ses IJSS auprès de l’Assurance maladie. 

Ce mécanisme offre à l’organisation la possibilité d’avancer les indemnités journalières directement sur le bulletin de paie, puis de se faire rembourser par la CPAM. Si le salarié refuse, il reçoit ses IJSS directement de la caisse, et l’employeur n’effectue aucun versement.

Dans quels comptes comptabiliser les IJSS subrogées ?

Comptabiliser les indemnités journalières subrogées répond à une logique simple : traduire fidèlement, en comptabilité, l’avance consentie par l’employeur et le remboursement attendu de la CPAM.

Les écritures permettent ainsi d’assurer la concordance entre le flux de trésorerie de la société, la créance sur l’organisme social et la charge de personnel enregistrée. 

Selon l’avancement de ce processus à trois étapes (créance, remboursement, clôture d’exercice), les comptes utilisés diffèrent.

1. Lors de la constatation de la créance

Dès l’absence du salarié, l’entreprise doit inscrire :

• au débit du compte 4387 - Organismes sociaux, produits à recevoir ;

• au crédit du compte 641 - Rémunération du personnel.

Cette écriture évite le décalage entre la charge supportée (versement du salaire) et le remboursement futur par la CPAM.

2. Lors du remboursement des IJSS

Quand l’Assurance maladie verse les indemnités à l’organisation, l’écriture se fait ainsi :

• au débit du compte 512 - Banque ;

• au crédit du compte 4387 - Organismes sociaux, produits à recevoir.

3. Lors d’un décalage en fin d’exercice

Si la société n'a pas encore reçu le remboursement à la date de clôture de l'exercice, il convient d'inscrire :

• au débit du compte 4387 - Organismes sociaux, produits à recevoir ;

• au crédit du compte 791 - Transferts de charges d'exploitation (ou compte 641 - Rémunération du personnel selon les conventions internes).

Cette écriture d'inventaire sera contrepassée à l'ouverture de l'exercice suivant, lors de la réception effective du remboursement par la CPAM.

👉  À noter : seules les sommes significatives (et non de quelques euros) nécessitent une régularisation de ce type. Par exemple, si l’employeur a avancé 1 500 € au salarié en arrêt maladie, en pensant qu’il recevrait exactement cette somme d’IJSS, et que la CPAM verse finalement 1 498 € (soit 2 € d’écart), cette différence minime n’oblige pas l’employeur à faire une régularisation. En revanche, si l’écart est de 200 € ou 300 €, l’employeur doit ajuster la paie (retenue ou versement complémentaire) car la somme est jugée “significative”.

Comment réaliser les écritures comptables en cas de subrogation ? Exemples

Afin d'illustrer les écritures comptables des IJSS en cas de subrogation, voici 3 exemples d'écritures.

La comptabilisation des différents flux financiers qui s'effectue au sein de la structure est primordiale afin de refléter une image comptable fidèle à la réalité. Ces flux peuvent se rattacher à différents domaines de la vie de l'entreprise : le paiement des salaires, l'attribution d'avantages aux salariés, le paiement des cotisations salariales et patronales. 

💡 Bon à savoir : c'est pour cette raison, par exemple, que l'on procède à la comptabilisation des tickets-restaurant et à l’enregistrement comptable du prélèvement à la source.

Comment la subrogation impacte-t-elle la fiche de paie du salarié ?

L'application de la subrogation modifie la présentation du bulletin de salaire et exige un suivi rigoureux pour prévenir les éventuelles erreurs de calcul ou de paiement.

IJSS sur le bulletin de paie

Sur le bulletin de salaire, l’indemnité apparaît distinctement du salaire brut. Cette somme est soumise à un calcul de CSG/CRDS et figure dans le revenu imposable du membre du personnel.

Le maintien de salaire prévu au contrat ou par la prévoyance peut compléter les IJSS. Ainsi, le salarié perçoit une rémunération nette ajustée, sans avoir à attendre le versement direct.

Les points de vigilance pour l'employeur face au risque d’écart

Il arrive que le remboursement reçu par la Sécurité sociale ne corresponde pas exactement à ce que l’employeur a versé par anticipation au salarié : on parle alors d’écart.

📌  Exemple : certaines situations (comme la maladie, la maternité ou un accident du travail) n’ouvrent pas les mêmes droits, si bien que le maintien de salaire prévu par l’entreprise peut être plus élevé que les IJSS.

Pour pallier ce type de désagréments, il est conseillé d’effectuer un rapprochement régulier pour vérifier que les IJSS remboursées correspondent bien au salaire avancé.

5 conseils pratiques pour gérer les IJSS en entreprise

La gestion des indemnités journalières de Sécurité sociale requiert la mise en place de quelques bonnes pratiques, afin d’éviter les erreurs de paie, d’optimiser la comptabilité et de respecter les obligations légales.

1. Vérifier systématiquement la subrogation

Il est important de s’assurer que le salarié a émis son accord pour bénéficier d’une subrogation. Noter la date de début et de fin de l’arrêt permet de calculer correctement le brut, le net imposable et le maintien de salaire.

2. Tenir à jour les comptes comptables

Il faut inscrire la créance sur le compte 4387 dès le versement au salarié, puis enregistrer le remboursement au débit du compte 512 - banque, crédit du compte 4387, à réception des fonds. 

Aussi, prévoyez, si nécessaire, un ajustement d'inventaire en fin d'exercice via le compte 4387 - Organismes sociaux, produits à recevoir, en contrepartie du compte 791 - Transferts de charges d'exploitation.

3. Anticiper les impacts sur la paie

L’intégration des IJSS sur le bulletin de paie se fait avec mention du montant brut, net et imposable. 

Vérifiez que les cotisations de prévoyance sont correctement calculées, en particulier si le salarié perçoit un complément de salaire, puis ajustez le taux de prélèvement et la fiscalité si nécessaire.

4. Automatiser le suivi et les régularisations

Utiliser un logiciel de gestion de paie fiable permet d'automatiser les écritures et d'éviter les erreurs. Grâce à la génération d’un rapport mensuel des IJSS subrogées, vous pouvez suivre les remboursements et anticiper les écarts.

Toute régularisation doit être documentée en fin d’exercice pour faciliter les audits et le contrôle fiscal.

5. Communiquer avec les salariés

Expliquez clairement la subrogation et son incidence sur le bulletin de paie à vos collaborateurs. Informez-les sur les délais de remboursement et sur la somme nette perçue, afin d’instaurer une politique de transparence, de gagner leur confiance et d’éviter les malentendus.

Quelles perspectives d’évolution pour les IJSS en 2026 ?

Selon un rapport publié par la DREES, les dépenses liées aux IJSS atteignent 12,1 milliards d’euros en 2024, contre 7,4 milliards d’euros en 2017, soit une hausse de 63,5 % en 7 ans. Cette évolution souligne un enjeu de maîtrise des coûts qui suscite des réflexions, notamment sur l’allongement du délai de carence ou la durée maximale d’indemnisation.

Nouveaux plafonds de calcul des IJSS

Depuis le décret n° 2025-160 du 21 février 2025 (entré en vigueur le 1er avril 2025), les modalités de calcul des IJSS ont été modifiées significativement : le plafond des revenus pris en compte est passé de 1,8 à 1,4 fois le SMIC mensuel.

Le SMIC a connu deux revalorisations en 2026 :

• au 1er janvier 2026 : 1 823,03 € brut mensuel ;

• au 1er juin 2026 : 1 867,02 € brut mensuel (+ 2,41 %).

Avec cette dernière revalorisation, le plafond de calcul des IJSS s'établit désormais à 2 613,83 € (1,4 × SMIC).

Le montant maximal de l'IJSS maladie passe ainsi à environ 42,96 € brut/jour pour les arrêts en cours en 2026.

⚠️ Attention : les nouveaux plafonds pour calculer les IJSS impactent le montant des indemnités perçues par l’employeur en subrogation. Pour éviter un écart avec le salaire que vous allez avancer à vos salariés, il est conseillé de vous équiper d’un outil dédié. Un bon logiciel de gestion de paie s’occupera d’automatiser les calculs et de faciliter les mises à jour réglementaires, ce qui facilitera la fiabilisation de vos écritures comptables.

Des conséquences significatives pour les employeurs et les salariés

Pour les salariés dont le salaire dépasse ce nouveau plafond, l’IJSS couvre désormais une part réduite de la rémunération. Les entreprises devront donc compléter davantage via les régimes de prévoyance ou les accords collectifs afin d’assurer un maintien du salaire pendant l’arrêt de travail.

Cette réforme pourrait entraîner une augmentation des coûts de prévoyance pour les entreprises. Une partie de ce surcoût pourrait être répercutée sur les salariés via une hausse de leurs cotisations salariales, en particulier pour les plus jeunes et les plus précaires.

Revalorisation du plafond de la Sécurité sociale (PASS)

Par ailleurs, depuis le 1er janvier 2026, le plafond annuel de la Sécurité sociale (PASS) est revalorisé de 2 %, pour atteindre 48 060 € par an (soit 4 005 € mensuels).

Cette hausse, même si elle ne compense pas la baisse du plafond spécifique aux IJSS, peut influencer certains calculs et indices liés à la couverture sociale et aux régimes complémentaires.

Encadrement de la durée des arrêts maladie et IJSS

Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 plafonne la durée des arrêts de travail établis à compter du 1er septembre 2026 :

• la 1ère prescription d'un arrêt maladie ne pourra excéder 31 jours ;

• toute prolongation d'arrêt sera limitée à 62 jours maximum.

En pratique, cette réforme des arrêts de travail de 2026 n’a pas d’impact direct sur le montant des IJSS versées par la CPAM. Toutefois, elle peut influencer la comptabilisation des IJSS en subrogation. En effet, elle peut ajouter de la complexité au suivi des IJSS en comptabilité et accroître les écarts de rapprochement entre le salaire avancé et les remboursements reçus.

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