Comment gérer sa comptabilité en micro-entreprise ?

Anaïs Robin
Mise à jour le 13 avril 2025

La comptabilité en micro-entreprise, souvent perçue comme simple grâce à un régime allégé, demande toutefois une bonne maîtrise des règles pour une gestion financière optimale. Dans cet article, PayFit vous explique les obligations comptables des micro-entrepreneurs et vous livre des conseils pratiques pour gérer efficacement vos finances au quotidien.

Zoom sur la comptabilité en micro-entreprise

Créer une entreprise et opter pour le régime de la micro-entreprise permet de profiter d’une comptabilité simplifiée, idéale pour les entrepreneurs débutants qui veulent se lancer rapidement, sans se perdre dans les formalités administratives.

En effet, la comptabilité en micro-entreprise se distingue par sa simplicité et sa légèreté. Le micro-entrepreneur bénéficie d'un régime allégé qui supprime de nombreuses contraintes comptables. 

Par exemple, la franchise en base de TVA vous dispense de calculer et de déclarer la TVA sur vos ventes et vos achats, sous réserve de ne pas dépasser certains plafonds. Les cotisations et les contributions sociales sont calculées en fonction du chiffre d'affaires réalisé ou des recettes.

Ces allègements vous permettent d’éviter des obligations complexes, comme l’établissement d’une liasse fiscale (bilan, compte de résultat, etc.). Cela simplifie considérablement la gestion auto-entrepreneur de votre activité.

Quelles sont les obligations comptables en micro-entreprise ?

Ouvrir un compte bancaire dédié

Les micro-entrepreneurs doivent disposer d’un compte bancaire dédié à leur activité dès lors que leur chiffre d’affaires dépasse 10 000 € pendant deux années consécutives. Ce compte, qu’il soit classique ou professionnel, doit être utilisé exclusivement pour les transactions liées à l’entreprise. Cela permet une séparation claire entre les finances personnelles et professionnelles, facilitant le suivi des recettes et des dépenses. 

💡 Bon à savoir : il est conseillé d'ouvrir un compte bancaire exclusivement dédié à votre activité même si votre chiffre d'affaires ne dépasse pas le seuil de 10 000 €.

Déclarer le chiffre d’affaires

Les micro-entrepreneurs doivent déclarer leur chiffre d'affaires chaque mois ou chaque trimestre, en fonction de l'option choisie. Cela permet de calculer les cotisations et les contributions sociales.

En cas d'oubli, une pénalité de 58,9 € est appliquée pour chaque déclaration manquante avant la date limite.

👉 Petit plus : vous vous demandez quelles sont les charges d’un micro-entrepreneur ? Découvrez notre simulateur de charges pour auto-entrepreneur !

Facturer 

Les micro-entrepreneurs sont tenus de remettre une facture à leurs clients professionnels pour les ventes et les prestations de services. Dans certains cas, il peut aussi être nécessaire de délivrer une note aux clients particuliers.

La facturation doit se conformer à des règles strictes et inclure des mentions obligatoires comme le numéro de la facture, l’identité du client ou encore le taux de TVA applicable. Ces éléments doivent être pris en compte pour s’assurer de la validité des documents et prévenir tout risque de litige ou de sanction.

En effet, le non-respect des règles de facturation peut entraîner une amende administrative, qui peut s'élever à :

  • 75 000 € pour une personne physique ;

  • 150 000 € en cas de réitération dans les 2 ans suivant le premier manquement.

Pour aller plus loin : l'article 259 du CGI précise les règles applicables en matière de territorialité de la TVA, un point essentiel pour les micro-entrepreneurs réalisant des opérations internationales.

Tenir un livre des recettes

Auto-entrepreneur et livre de compte : il est obligatoire de tenir un livre des recettes encaissées, dans lequel les recettes doivent être enregistrées de manière chronologique. 

Les informations suivantes doivent être précisées : - la date d’encaissement des recettes ; - la référence de la facture ; - l’identité du client ; - la nature de la prestation ou la référence du produit ; - le montant encaissé ; - le mode de règlement.

Un total des recettes doit être effectué tous les 3 mois.

Tenir un registre des achats

Si l’activité exercée est une activité commerciale ou de fourniture de prestations d’hébergement, il est obligatoire de tenir un registre des achats. Ce registre, complémentaire au livre des recettes, permet d’enregistrer de manière chronologique tous les achats professionnels réalisés au cours de l’année civile.

Il comprend généralement : - la date de l’achat ; - les références des justificatifs pour chaque opération ; - le nom du fournisseur ; - la nature de la dépense ; - le montant de l’achat ; - le mode de règlement.

Quid de l’auto-entrepreneur et du bilan comptable ? Bien qu'il ne soit pas obligatoire pour les micro-entrepreneurs, établir un bilan en comptabilité offre une vue d'ensemble sur la santé financière de votre activité. Il vous aide à mieux piloter votre entreprise.

Comment optimiser sa comptabilité en micro-entreprise ?

Bien que les obligations comptables des auto-entrepreneurs soient simplifiées, il est important de rester rigoureux dans la gestion de votre comptabilité. Voici quelques conseils pour assurer une gestion optimale et sans faille de votre comptabilité.

La sécurisation des documents

Pour éviter la perte de documents importants, il est conseillé de sécuriser vos fichiers en les numérisant ou en les sauvegardant dans un cloud. Cette solution vous protège contre les désagréments liés à un déménagement ou une panne informatique. De plus, cela simplifie votre gestion administrative au quotidien, vous permettant de retrouver facilement vos documents en quelques clics.

La conservation des justificatifs

Contrôle fiscal d’un auto-entrepreneur : en règle générale, l’administration fiscale examine les trois derniers exercices lors d’un contrôle. Cependant, en cas de suspicion de fraude, elle peut étendre ses vérifications jusqu’à 10 ans. C’est pourquoi il est indispensable de conserver l’ensemble de vos justificatifs comptables sur cette période. 

Une bonne organisation

Même si les déclarations de chiffre d'affaires sont mensuelles ou trimestrielles, il peut être facile de procrastiner et de laisser s'accumuler les factures. Cependant, il est essentiel de consacrer régulièrement du temps à votre comptabilité pour éviter toute confusion. Comme tout entrepreneur, la rigueur est de mise pour assurer la bonne gestion de votre activité.

Quel est l’intérêt d’un expert-comptable pour une micro-entreprise ?

Expert-comptable et auto-entrepreneur : la question de l'embauche d'un expert-comptable pour une micro-entreprise se pose régulièrement.

En micro-entreprise, la comptabilité est simplifiée, et dans de nombreux cas, un entrepreneur peut gérer seul ses obligations fiscales et comptables. Cependant, un expert-comptable peut offrir de précieux conseils, même pour une micro-entreprise. 

Il pourra vous conseiller sur la gestion de votre trésorerie, la déclaration de votre chiffre d’affaires, ou encore vous aider à optimiser vos charges en entreprise individuelle.

Si vous avez peu de temps ou que vous souhaitez être sûr de respecter toutes les obligations liées à votre activité, faire appel à un expert-comptable peut être un excellent investissement pour vous assurer une gestion sans faute.

Comment choisir le bon logiciel comptable pour une micro-entreprise ?

Logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneur : l'utilisation d'un logiciel de comptabilité adapté à votre micro-entreprise peut faciliter la gestion de vos finances. 

Un tel outil vous permet de suivre vos recettes et dépenses en temps réel, de générer automatiquement vos déclarations fiscales et de conserver un historique de tous vos documents comptables. Cela vous assure une comptabilité précise, minimise les risques d’erreurs et vous fait économiser un temps précieux en automatisant de nombreuses démarches.

Le marché propose une grande variété de logiciels de comptabilité pour micro-entrepreneurs, chacun offrant des fonctionnalités différentes. Le choix du bon logiciel dépendra de plusieurs facteurs, notamment de votre budget et de vos besoins. 

Il est essentiel de sélectionner un outil qui correspond à votre activité et qui vous permet de rester organisé, pour vous offrir une gestion sans stress de vos finances. 

Envie d’en savoir plus sur les notions comptables ? Pour tout comprendre sur l'amortissement en comptabilité, les charges déductibles, la provision pour risques et charges, les charges d'exploitation, la comptabilité et l’exercice social, ainsi que sur la comptabilité prévisionnelle, consultez nos articles détaillés sur ces sujets clés.

Envie de gagner du temps sur la paie ?

Même si la comptabilité en micro-entreprise est simplifiée, certaines obligations sont incontournables. Vous devez obligatoirement tenir un livre des recettes chronologique et, pour les activités commerciales ou d'hébergement, un registre des achats. Ces documents permettent de suivre votre activité et de justifier votre chiffre d'affaires auprès de l'administration.

La déclaration doit se faire exclusivement en ligne sur le site autoentrepreneur.urssaf.fr, selon une périodicité mensuelle ou trimestrielle. Même en l'absence de chiffre d'affaires, vous devez faire une déclaration "néant" pour éviter une pénalité de 58,9 € par déclaration manquante. La création de votre compte Urssaf est possible 15 jours après la réception de votre notification d'affiliation.

Les documents comptables et justificatifs doivent être conservés pendant 6 ans minimum. Toutefois, en cas de suspicion de fraude, l'administration fiscale peut étendre son contrôle sur 10 ans. Il est donc recommandé de conserver l'ensemble de vos documents (livre des recettes, factures, relevés bancaires) sur cette durée.

Bien que le recours à un expert-comptable ne soit pas une obligation légale en micro-entreprise, son expertise peut s'avérer précieuse dans plusieurs situations.

Il peut vous accompagner efficacement lorsque vous approchez des seuils de chiffre d'affaires (77 700 € pour les services ou 188 700 € pour le commerce), vous conseiller sur l'optimisation fiscale de votre activité, ou vous aider à gérer des situations complexes comme la pluriactivité.